微生物学_11微生物的进化、系统发育和分类鉴定论述.pptVIP

3. 新名称的发表 根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公开发行的刊物上进行，在菌种目录、会议记录、会议论文摘要的均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统细菌学杂志（IJSB）以外的其他杂志上发表的，还必须经过新名称的合格化发表，被认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日算起，否则不算合格发表，也不能取得国际上的承认。发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等。 三、细菌分类和伯杰氏手册 20世纪60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是《伯杰氏手册》。所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。 11.5 微生物分类鉴定特征和技术 鉴于微生物体形微小、结构较简单等特点，微生物分类和鉴定除了像高等生物那样，采用传统的形态学、生理学和生态学特征之外，还必须寻找新的特征作为分类鉴定的依据。 在这方面微生物分类学家比动植物分类学家表现了更高的热情，他们从不同层次（细胞的、分子的）、用不同学科（化学、物理学、遗传学、免疫学、分子生物学等）的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现反映微生物类群特征的资料作为微生物分类鉴定的依据。 一、形态学和生理生化特征 1．形态学特征 形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一，其中有两个重要原因： 一是它易于观察和比较，尤其是在真核微生物和具有特殊形态结构的细菌中； 二是许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对的稳定性。因此，形态学特征不仅是微生物鉴定的重要依据，而且也往往是系统发育相关性的一个标志。常用于原核生物分类鉴定的形态学特征 2．生理生化特征 生理生化特征和微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关，酶及蛋白质都是基因的产物。 所以，对微生物生理生化特征和比较也是对微生物基因组的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多。 因此生理生化特征对于微生物的系统分类仍然是有意义的。 二、血清学试验与噬菌体分型 1．血清学试验 细菌细胞与病毒等都含有蛋白质、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物质，由于不同微生物抗原物质结构不同，赋予它们不同的抗原特征。 一种细菌的抗原除了可与它自身的抗体起特异性免疫反应外，若它与其它种类的细菌有共同的抗原组分，它们的抗原抗体之间就会发生交叉反应。 2.噬菌体分型 在原核生物中已普遍发现有响应种类的噬菌体.噬菌体对宿主的感染和列解作用具有高度的特异性,即一种噬菌体往往只能感染或裂解某种细菌,甚至只裂解种内的某些菌株. 所以,根据噬菌体的宿主范围可将细菌分为不同的噬菌型和利用噬菌体裂解这样的特异性进行细菌鉴定. 这对于追溯传染病来源、流行病调查以及病原菌的检测鉴定有重要意义. 三、氨基酸的顺序和蛋白质的分析 蛋白质是基因的产物,蛋白质的氨基酸顺序直接反映mRNA顺序而与编码基因密切相关。 因此,可以通过对某些同源蛋白质氨基酸顺序的比较来分析不同生物系统发育关系,序列相似性越高,其亲缘关系愈近。 因此可以根据蛋白质的氨基酸序列资料构建系统发育树和进行分类。 四、核酸的碱基组成和分子杂交 比较DNA和碱基组成和进行核酸分子杂交,是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。 1.DNA的碱基组成[(G+C)%] DNA分子含有四种碱基：腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶。DNA的碱基组成和排列顺序决定生物的遗传性状,所以DNA碱基组成是各种生物的一个稳定特征.它不受年龄和突变因素以外的外界条件的影响,即使个别基因突变, 碱基组成也不会发生明显变化。 分类学上,用G+C占全部碱基的物质的量百分数(G+C)%来表示各种生物的DNA碱基组成特征。 每一种生物都有一定的碱基组成亲缘关系近的生物,它们应该具有相似的G+C含量,若不同的生物之间G+C含量差别大表明它们关系远。现有数据表明: 高等植物的G+C含量范围大约35%～50%之间; 原核生物中G+C含量变化幅度宽达22%～80%; 脊椎动物G+C含量约35%～45%之间; 原核生物中G+C含量变化幅可达22%～80% 这也足以表明原核生物是一个极其多样性的类群. 目前,虽然还没有一个统一的界定各级分类单元的G+C含量标准,但大量资料表明: 同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4%～5%以下; 同种不同属的差别在10%～15%,通常底于10%. 所以G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基特征,它对于种、属甚至科的鉴定有重要意义。 例如,80年代以前螺菌属(Sp