酵母基因型讲述.docx

DICP-1816 菌株管理档案 1——细菌菌株基因型及基因符号说明  PAGE 10 酵母及大肠杆菌基因型及遗传符号说明 前言：实验室的一般大肠杆菌拥有 4288 条基因，每条基因的长度约为 950bp，基因间的平 均间隔为 118bp（基因Ⅷ）。E.coli 基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一 些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此 表明了基因组具有它的可塑造性。 利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从 而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型 (Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。具有不同基 因型的菌株表现出不同的特性。 分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按 Demerec 等 1966 年提出的命名原则，采 用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。 大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）： 一、一般规则： 1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成 3 个小写斜体字母来表示。 例如：DNA Adenine Methylase→dam。 2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在 3 个小 写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。例如：Recombination→recA、recB、recC。 3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。如 supE44（sup 基因座 E 的 44 位 突变）。如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大 写字母，如 trp-31。 4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。这些符号包括菌株携带 的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。其基因符号应与基因座的表示 符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基 因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。 5、对于携带附加体的菌株的完整基因型描述应包括附加体的状态（游离或整合）。以 F 因 子为例，F-：F 因子缺失；F+：自主性 F 因子，不携带任何遗传可识别染色体片段；F’： 携带有遗传可识别细菌染色体片段的自主性 F 因子；Hfr：整合到染色体上的 F 因子（high frequency of recombination）。当这些质粒或噬菌体片段变异或缺失时，用（ ）”或“/” 等以区别。例如：/F [traD36、proAB、lac I q、lacZ? M15] 6、某个基因或某个领域缺失时，在其基因型前面加上“ ”表示。例如：lac-proAB 基因缺 失时它的基因型表示为 (lac-proAB)。 7、由于某种基因的变异导致大肠杆菌可以明显观察到特征变化，有时也用其表现型代替基 因型进行表示。例如：某些抗药性的获得或丧失，用如下方式表示：Streptomycin 抗性→Str  +或 Str r，Ampicillin 敏感性→Amp-。 (第一个字母要大写,“+”或“r”表示有抗性,“-”表 示无抗性或敏感)。 8、根据某些特异性蛋白的变异及其导致的结果变化进行表示。 例如：TH2 菌株上有一种基因型表示如下：hsdS20 (rB-、mB-)，其中 S20 代表特异性识别 蛋白发生变异，()中的 rB-、mB-表示由于 S20 的变异而导致 B 株来源的 hsdR 和 hsdM 的功 能缺失。 9、蛋白质的名称与对应的基因或等位基因相同，但不用斜体，且首字母大写，如，UvrA、 UvrB。 二、基因符号和意义（见表 1） 部分基因符号和意义 基因符号意义注释Δ缺失缺失突变用“Δ”表示，其后的（）中是缺失基因的名称、等位基因 号码。如Δ(lac-proAB)表示 lac-proAB 基因的缺失。：断裂表示：前的基因是断裂的。：：插入“：：”前的基因由于“：：”后的基因插入断裂。IN倒位倒位在大肠杆菌中很少见，用 IN（区域）表示。TP转座如 TP（lacI-purE）33 表示 lacI 和 purE 间的基因区域（包括这两个基 因）被插入到染色体的某个位点。+显型或抗性如果是表示抗性，+也可用 r 代替-隐型或敏 感、无抗性如果表示对某种抗生素的敏感性，用“-”上标表示。/质粒或附加 体的缺失（）or []()或[]中的基因是缺失或变异所在Φ融合如Φ（ara-lac）表示 ara 和 lac 融合成新基因 三、主