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经典分子力场(classical force field) CFF(consistent force field)包括CFF91,CFF95,PCFF。 CFF91力场含有H、Na、Ca、C、Si、O、S等原子的参数,可计算包含这些原子的分子体系。 CFF95和PCFF均源自CFF91,都增加一些金属元素以及惰性气体原子的力参数,可以模拟含有相应原子的分子体系。 COMPASS(Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies) 由美国Accelry公司设计的一个专门模拟金属氧化物固体材料的力场。 极化力场(Polarizable force fields) PIPF (The polarizable intermolecular potential for fluids) 由Minnesota大学的Jiali Gao等人发展起来,基于分子间相互作用的常见有机液体和生物聚合物的极化力场。 X-Pol(Explicit?Polarization?Theory) 由Minnesota大学的Jiali Gao提出,基于电子结构理论的极化力场。 AMOEBA(Atomic?Multipole?Optimized?Energetics?for?Biomolecular?Applications) 由P.Y.Ren和Ponder等人在2002年提出并应用到水分子模型的极化力场。 反应力场(reactive force field) REBO力场 由Donald W. Brenner设计,可以应用于碳氢化合物,此力场作者在 2002 年改进的第二代 REBO力场及这期间发展的用于 O、Ar、CF等元素和基团的参数被应用到化学吸附、化学沉积、碳纳米管生长及一些化学反应中。 ReaxFF力场1 由Goddar设计,已经覆盖了大部分周期表,目前已用于研究快速反应过程(如爆炸和燃烧过程),研究实验中难以解析的实验结构,燃料电池电极材料催化反应过程的研究等。 [1]J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9396-9409 [1]作者,题目,期刊,年份,页码 * 通过模拟计算,发现黑磷具有良好的电子迁移率和非常高的漏电流调制率,是石墨烯的1W倍 * 因为在模拟大体系的时候,常常是为了得到统计性质如模量,扩散系数等,而这些量主要依赖于原子核的位置,或者说是主要依赖于原子核的平均位置,此时计算量极大的电子运动信息并不需要。 * * 用分子力学力场方法计算热力学性质以及预测极端状态下的状态函数 作者程涛 出版源《上海交通大学》, 2010 * 金属 Pt 和 Pd 的 AMOEBA 极化力场的构建? 辽宁师范大学 李贝贝 硕士论文 * 场能够正确描述化合物的生成热,同时力场势函数中显式包涵了库仑 和范德华相互作用,所以此力场也能应用于平衡稳定体系;其缺点是函数形式比较 复杂,参数较多难以拟合,并且很遗憾的是这一力场的参数并不公开。 * 肖梦月 2015.12.11 分子动力学模拟 根据物理和化学的基本原理,建立一种由计算数据来代替实验测量的研究方法,获取相关的物理化学信息。 不仅能得到原子的运动细节,能像做实验一样进行各种观察,还能方便地施加各种外界条件。 作用: (1)模拟材料的结构 (2)计算材料的性质 (3)预测材料行为 (4)验证实验结果,重现实验过程 (5)从微观角度认识材料 黑磷的原子结构图 图片来源:Yuanbo Zhang et al. (2014) Nature Nanotechnology. 分子动力学模拟举例: 分子动力学模拟优势 1.降低实验成本 2.具有较高的安全性 3.实现通常条件下较难或无法进行的实验 如:超低温(低于-100℃)超高压(大于100Mpa) 4.研究过快或过慢的反应 5.从微观角度认识材料 发展趋势: 理论模拟和实验相比,精确度要求是模拟最需要考虑的问题,而模拟更大的体系,较高的效率,实现更长的演化时间,取得更精确的模拟结果是分子动力学模拟的发展趋势。 MD常用方法(主要方法比较) 量子力学以电子的非定域化(不确定性)为基础,一切电子的行为以波函数来表示,要得到波函数必须解薛定谔方程,但分子中的电子数目众多,使得这项工作十分困难. ? 利用从头算方法(ab initio)通常只能计算上百个原子,Stanford Univ的Todd J. Martínez教授目前已经可以进行几千个原子的计算。
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