第7章基因组进化的模式student3预案.ppt

拟南芥基因组测序 Annotation tRNAscan-SE and mannual inspection identified 589 cytoplasmic tRNA,27 organelle-derived tRNA,and 13 pseudogene A combination of algorithms, all optimized with parameters based on known Arabidopsis gene structures, was used to define gene structure.(FGENE, GRAIL, GeneMark.hmm,GENESCAN etc.). Similarities to known protein and EST were used to refine gene model The evolution of Arabidopsis involved a whole-genome duplication(~112Myr), followed by subsequent gene loss and extensive local gene duplications 转座子启动重组导致基因组重排 7.3.3 内含子的起源 关于GU?AG内含子起源的，可分为: 1） “内含子早起源” （intron early）假说认为，内含子在生命起源的早期即已存在，它们在真核生物的进化中逐步丢失。 2）“内含子晚起源” (intron late)假说主张，内含子起源只是生命进化中较晚出现的事件，随后在真核生物中逐渐积累. 第8章 基因组与生物进化 8.1 从分类学到分子系统发生学 8.2 基于DNA的系统发生树的重建 8.3 分子系统发生学的应用 8.1 从分类学到分子系统发生学 生命之树 分子系统发生学(molecular phylogenetics) 通过比较多个基因组之间的序列，以揭示不同生物 在进化过程中的地位、分歧时间以及亲缘关系，建 立系统发生树(phylogenetic tree)，推断生物大分子的进化历史的一门学科。 9.2 基于DNA的系统发生树的重建 9.2.1 系统发生树的关键特征 用外部组群确定系统发生树的位置 人、黑猩猩、大猩猩和猩猩的基因与狒狒的基因形成一个共同的根，从化石记录知道，狒狒早于其它四个物种从共同祖先分离出来 8.2.2 系统发生树的重建 同源DNA序列的代换速率是基本恒定的,因此同源DNA序列中核苷酸取代的比率可以作为物种进化关系的指标,根据DNA序列代换的比率构建的进化树称为DNA系统发生树 步骤： 1）将DNA序列进行比对，以获得建树所用的资料 2）将比较数据转换成重建的系统发生树 3）评价所构建系统发生树的可信度 4）用分子种(molecular clock) 确定系统发生树内分支点的时间 序列比对的点阵技术 通过连续的点形成的对角线，显示正确的排列，点突变处断开，在“indels”处对角线发生偏移 Clustal 是最流行的序列比对软件 主要进行蛋白质或DNA的多重比对，可生成系统发生树 PAUP和PHYLIP 更复杂的软件包，能选择不同的系统发生树的构建方法，并能进行更复杂的进化分析。PAUP被认为是最准确的建树程序 相邻连接法（neighbor-joining method)是构建DNA系统发生树较流行的方法 利用距离矩阵（distance matrix)建树 将多重比对信息转变成距离矩阵，一个显示比对序列间进化距离的简单表，进化距离通过两序列间差异核苷酸数目计算，用于计算连接这两个序列分支的长度 采用相邻连接法构建系统发生树的过程 重取样分析（bootstrap analysis)可用来确定不同分支点可信度 就是进行第二次多重比对，新的比对是从真实的比对中随机抽取纵列构建起来，不同于最初的序列，但有相似的变化模式。一般从真实数据中得到1000个新的排列，可构建1000个复制树，原始树每个节点都给予一个BOOTSTRAP VALUE,如果值大于700/1000，可以认为此节点具有很高的可信度。 用分子钟可以估计祖先序列趋异的时间 我们进行系统发生学分析时，一个目的是推断出所比较的DNA序列间进化关系的模式。还有一个目的，就是找出祖先序列分化为现代序列的时间。 要确定系统发生树上分支的时间我们必须使用分子钟 单位时间内同源蛋白质氨基酸顺序或者DNA序列取代的比率称为分子钟，通常以百万年为计算单位。可用于估算祖先序列演化的时间，确立系统发生树的进化年代 例如采用系统发生树与分子钟推算脊椎动