无吻蛭目五种水蛭线粒体基因组注释的分析.pdf

2．2蛋白质编码基因……………………………………………………………………。26 2．2．1蛋白质基因碱基组成偏向性分析……………………………26 2．2．2蛋白质基因起止密码子使用…………………………………27 2．2．3碱基组成及密码子使用偏好…………………………………28 2．3tRNA基因……………………………………………………………………………………．33 2．4rI之NA基因……………………………………………………………………………………．36 第三章黄蛭科尖细金线蛭和光润金线蛭线粒体基因组特征……………37 3．1线粒体基因组基本特征…………………………………………………………38 3．1．1基因组结构……………………………．．……………………．．38 3．1．2基因顺序………………………………………………………41 3．1．3基因间隔区和基因重叠区………………………………………………．．42 3．2蛋白质编码基因…………………………………………………………………．42 3．2．1蛋白质基因碱基组成偏向性分析……………………………42 3．2．2蛋白质基因密码子使用………………………………………43 3．2．3蛋白质基因密码子使用偏好…………………………………44 3．3tRNA基因……………………………………………………………………………………．49 3．4rI之NA基因……………………………………………………………………………………．52 第四章石蛭形亚目八目石蛭线粒体基因组序列特征……………………。53 4．1线粒体基因组的基本结构和组成特征……………………………………………53 4．1．1基因组结构……………………………………………………53 4．1．2基因间隔区和基因重叠区……………………………………55 4．1．3碱基组成特点…………………………………………………55 4．2蛋白质基因…………………………………………………………………………．57 4．2．1蛋白质基因碱基组成偏向性分析……………………………57 4．2．2蛋白质基因密码子使用……………………………．…………57 4．3tRNA基因……………………………………………………………………………………．59 4．4rRNA基因……………………………………………………………………………………．59 第五章无吻蛭目线粒体基因组比较分析及讨论……………………………．61 5．1线粒体基因组的整体比较……………………………………………………．61 5．1．1线粒体基因组的结构组成和基因顺序比较…………………61 5．1．2线粒体基因组的基因间隔区和基因重叠区比较……………64 5．2蛋白质编码基因的比较……………………………………………………………。65 5．3tIⅢA比较分析……………………………………………………………………。68 5．4rIⅢA比较分析……………………………………………………………………．71 5．5系统发育分析……………………………………………………………………。74 5．6结论。。。．………………。．．…………………。。…．．．．．………．。．．．。．．．．．．…．。…………．．。78 5．7创新之处………………………………………………………………………………80 5．8不足之处…………………………………………………………………………………80 5．9今后的研究方向……………………………………………………………………．81 第六章文献综述……………………………………………………………………．．82 6．1线粒体基因组研究进展…………………………………………………………。82 6．1．1线粒体及线粒体基因组的发现………………………………82 6．1．2线粒体基因组测序进展………………………………………83 6．1．3线粒体基因组应用价值………………………………………85 6．2动物线粒体基因组的基本结构…………………………………………………．87 6．2．1蛋白质编码基因………………………………………………91 6．2．2 tRNA基因………………………………………………………………………．92 6．2．3