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;授课大纲;;重要生物信息中心 重要生物信息数据库 数据库检索工具 生物分析相关软件;一、重要生物信息中心 Bioinformatics Centres;;NCBI：;;;;;;/chinese/;/;二、重要生物信息数据库;;;生物信息学数据的表示形式;生物信息学数据的表示形式;信息表示：关系数据库;生物信息学数据存在的问题;数据集成;生物信息学最重要的任务是从海量数据中提取新知识;生物数据库的种类;序列数据库 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR) 结构数据库 蛋白质结构数据库(PDB) 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH ) 其它数据库 ;序列数据库; 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 　　从那个时候以来，DNA序列的数据已经从80年代初期的百把条序列，几十万碱基上升至现在的110亿碱基！这就是说，在短短的约18年间，数据量增长了近十万倍。;核酸序列;蛋白质序列数据库;蛋白质序列;蛋白质数据库种类和特点;生物大分子三维结构数据库;蛋白质结构库（PDB）;;蛋白质结构;蛋白质结构分类数据库;蛋白质结构分类数据库SCOP;蛋白质结构分类数据库CATH;第三个层次为拓扑结构，即二级结构的形状和二级结构间的联系。 第四个层次为结构的同源性，它是先通过序列比较然后再用结构比较来确定的。 CATH数据库的最后一个层次为序列(Sequence)层次，在这一层次上，只要结构域中的序列同源性大于35%，就被认为具有高度的结构和功能的相似性。对于较大的结构域，则至少要有60%与小的结构域相同。;基因组数据库;四、数据库检索工具;http://www.ncbi.nlm.nih.giv/Entrez/;Entrez--GenBank;SRS;数据库记录的格式与检索路口;核酸/蛋白质数据库记录的组成;GenBank格式;GenBank格式;EMBL格式;EMBL格式;数据库记录注释代码和内容说明 ;数据库记录注释代码和内容说明（cont.）;一个简单的GenBank记录;FEATURES Location/Qualifiers source 1..3808 /organism=Limulus polyphemus /db_xref=taxon:6850 /tissue_type=lateral eye CDS 258..3302 /note=N-terminal protein kinase domain; C-terminal myosin heavy chain head; substrate for PKA /codon_start=1 /product=myosin III /protein_id=AAC16332.2 /db_xref=GI:7144485 /translation=MEYKCISEHLPFETLPDPGDRFEVQELVGTGTYATVYSAIDKQA NKKVALKIIGHIAENLLDIETEYRIYKAVNGIQFFPEFRGAFFKRGERESDNEVWLGI EFLEEGTAADLLATHRRFGIHLKEDLIALIIKEVVRAVQYLHENSIIHRDIRAANIMF SKEGYVKLIDFGLSASVKNTNGKAQSSVGSPYWMAPEVIS