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11-结构生物学导论-4
电子云密度和结构解析;F (hkl) = V ? ? ? ?(x,y,z) exp [2?i (hx+ky+lz)]dxdydz;电子密度函数 ;;;解决相位问题的方法;差值 Fourier 法;
△? (xyz)=(1/v)∑∑∑(F未知-F已知)exp[-2?i (hx+ky+lz)+i?已知]
h k l
未知结构与已知结构的差异
+ 缺少原子，- 多余原子 调整模型
- 多余原子
;Step 1;分子置换法 Molecular replacement (MR); 分子置换法相角解析原理 ;Six-dimensional search; P(uvw)=（1/v）∑∑∑|Fhkl|2exp[-2?i (hu+kv+lw)]
h k l;交叉旋转函数;平移函数;搜索模型分子的选择;刚体修正和初始相角的计算;初始模型的建立;phaser eof
MODE MR_AUTO
HKLIn test_cad.mtz
LABIn F=FP SIGF=SIGFP
ENSEmble mol PDB min.pdb IDENtity .99
COMPosition PROTein MW 20000 NUM 2 #ck2a
SEARch ENSEmble mol NUM 2
ROOT final # not the default
END
eof;Step 1;多对同晶置换法 Multiple-isomorphous replacement （M I R);重原子浸泡;差值 Patterson 函数;计算FH;矢量三角形; 至少用两个重原子衍生物才可唯一确定相角 已知|FP| |FPH| FH;多对同晶置换相角解析步骤;单波长反常散射法 Single wavelength anomalous dispersive method(SAD);Friedel’s law;Breakdown of Friedel’s law ;SIRAS phasing;SAD phasing;单波长反常散射相角解析步骤;;Step 1
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