06生物信息的传递分析.ppt

第6章 生物信息的传递（上） ——从DNA到RNA;● 基本概念 ● 转录起始： RNA聚合酶、启动子 ● 转录的基本过程 ● 转录后加工 ● 原核生物与真核生物mRNA的特征比较 ● RNA合成与DNA合成异同点 ;一、基本概念;2、参与转录的物质;在RNA的合成中，DNA的二条链中仅有一条链可作为转录的模板，称为转录的不对称性。; ;;5、转录单元（transcription unit）;*;*;二、参与转录起始的关键酶与元件;;大肠杆菌RNA聚合酶的组成分析;*;实验证明： 对抑制RNApol转录功能的抗生 素研究，发现由rpo B基因编码 的β亚基是催化中心。 利福平是RNApol的强抑制剂， 能与β亚基结合，阻止转录起始 但不影响延伸。 这类抗生素不抑制真核RNApol 因此在医药上被用于治疗革兰 氏阳性菌感染和结核病。 抗生素利迪链菌素能抑制转录延 伸，能产生对该抗生素抗性的 突变基因被定位在rpoB基因内;研究证据： β亚基有两个结构域，分别负责转录的起始和延伸。β 亚基是碱性蛋白，由rpoC基因编码，与DNA之间以静电引力结合，并能结合两个Zn2+， Zn2+与RNApol的催化作用有关。 具有多个阴离子的肝素能结合到β亚基上。体外实验发现，肝素能抑制转录作用是由于它能与DNA竞争性地结合聚合酶的催化中心，β亚基负责酶与模板DNA的结合。;σ亚基能识别并引导RNApol稳定结合到启动子上，能使核心酶对特异序列的亲和力加强，对非特异序列的亲和力降低。 全酶的核心酶不能区分DNA启动子和一般序列，核心酶与DNA的结合常数约为109(mol/L)-1，停留的半衰期约60 min，但当σ因子与核心酶结合后，与DNA一般序列的结合常数下降为105，半衰期小于1s，而与DNA启动子序列的结合常数达到1012，半衰期为数小时，二者的结合常数相差约107。;RNApol与不同基因启动子的亲和力不一样，结合常数的变动范围在l06~1012。受亲和力的影响，起始频率也各不相同 实验例证：rRNA基因启动子为1次/s，而lacI启动子为1次/30 min。细胞内σ因子的数量只占核心酶的30％，因此，大约只有1/3的RNApol是以全酶形式存在的。 ;T7 RNA聚合酶不能识别E.coli的基因转录启动子，只识别一个包括转录起点在内的23bp的启动子。由于噬菌体表达蛋白质的产生能抑制E.coli细胞内的RNApol活性，导致宿主细胞的基因不能转录，因此由T7 RNApol及结合的启动子在基因工程中能构建RNA表达载体系统。 X-射线衍射实验证据：T 7 RNApol分子的表面有一个裂隙，直径相当于DNA双螺旋直径，能容纳DNA于其中。在E.coli的RNApol和酵母RNApolⅡ等分子中也发现了类似结构，这种结构是所有RNApol（包括DNApol）的一个共同特征。 ;2、真核生物RNA聚合酶;RNA聚合酶与DNA聚合酶的区别;*;*;*;*;*;小结三类RNA聚合酶的特点： ① 结构非常复杂 ② 结构有相似性，都含有两种分子大小超过100kDa的大亚基和多种小亚基。研究证实，原核细胞RNApol核心酶亚基与所有真核细胞RNApol核心酶亚基间有清晰的相互关系和很高的同源性； ③ 有几种共同亚基 酵母RNApol至少有5种，酵母RNApolⅡ共有12种亚基，其基因都已被克隆和测序。 ;RNA聚合酶有3类亚基 根据结构与功能的差异，将真核细胞RNApol亚基分为3类： 核心亚基 共同亚基 非必需亚基 核心亚基 与原核RNApol核心酶相关的亚基都是酶活性所必需的，分别与原核的β，β’和α 亚基同源，说明原核RNA核心聚合酶的3个亚基与三类真核RNApol的3个亚基之间存在着明显的进化渊源。;酵母的聚合酶Ⅱ与人类RNApol Ⅱ有53%的序列一致性。 实验证实： 2001年，R Komberg等人以酵母RNApolⅡ突变体（polⅡ△4/7）晶体为研究对象，获得了原子级分辨率为2. 8?的X-射线晶体图像。 酵母RNApolⅡ最突出特征是催化活性位点位于一个很深的DNA结合裂隙中，裂隙底部结合了2个Mg2+。DNA结合裂隙如同钳状，上半部由Rpbl和Rpb9亚基组成，下半部是Rpb5亚基。酶的裂隙由碱性aa构成，而酶表面几乎都是酸性aa，裂隙中的碱性aa有助于酶与酸性DNA模板结合。;（二） 启动子(promoter);1、 原核生物启动子结构;*;*;*;*;*; E.coli 细胞含有7个编码rRNA的基因，当快速生长需要大量rRNA时，这7个基因在细胞内自身可完成大量的转录。 驱动这些基因转录的启动子显然很强大，原因是启动子上游元件在发挥作用。 核心启动子上游– 4