中科大_Materials_Studio_培训教程_2(包你学会!).pptVIP

Class 1 -- Materials Studio 快速入门教程;1. 建立一个新文件夹D:\ MS teach \ class1 2. 运行 Materials Studio，生成名称为My quickstart 的Project;;3. 恢复project 的默认设置（初学者不要做此操作） 本教学过程中，每一个新的 project 都使用 Materials Studio 自动产生的template project 的设置。保证 My quickstart project 也一样。;二. 打开并且观察3D 文档 目的: 介绍Materials Studio 中文档 documents 的概念模块: Materials Visualizer前提: 已生成一个Project;1. 输入一个结构 File / Import，打开输入文件对话框 （注意，此对话框也可用工具栏上的输入按钮 打开）。 选择 Examples / Documents / 3D Model / TON.msi，单击 Import 按钮。; 这个 3D Viewer 显示通常的 zeolite Theta-1 单胞。 文件 TON.xsd 是Project Explorer 中My quickstart project 的一部分。注意文件的扩展名已由.msi 变为 .xsd，这是3D 结构的 XML-based native Materials Studio 格式。;2.调整显示方式 在 3D Viewer 上按右键，出右键菜单，选 Display Style ，Display Style 对话框中的各选项的意义如下：; Lattice 栏： Display style:显示单个晶胞或者原胞。 Range：显示在X、Y、Z 方向上晶胞的数量。 Lattice:显示晶胞边界的风格。 用 None、Dashed line、Line和 Stick styles显示zeolite Theta-1 的结构。 注意3D Viewer边框的变化 。 将显示固定在Line。;Lighting ;3. 改变3D结构的视图;4. 选择不同的对象：如原子或键;引言 化学家不得不每天处理大量的小分子和化学中间体。快速生成该类分子对于每一个分子建模环境都是非常重要的。苯甲酰胺分子就是这样一种小分子，在下边我们将以该分子作为例子，进行研究工作。 1. 生成新的3D文档 2. 设置球棍模型为默认显示方式 3. 绘制分子环和原子链 4. 绘制氧原子 5. 编辑原子类型 编辑键的类型 7. 添加氢原子并调整分子结构 8. 将分子的凯库勒(Kekulé)式转化为共轭结构(resonant bond representation) To monitor and adjust distances ;下面建造苯甲酰胺结构：;2. 设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ，打开 Default Atom Style 对话框。在Display Style中选择Ball and stick 。单击 Close button ???? 关闭 Default Atom Style 对话框。 这样在本project 中，默认显示方式被设置为 ball and stick。 ; 此时按下 ALT key ，单击鼠标左键，则出现一个具有 with resonant bonds 的芳香环(aromatic ring)。;;4. 绘制氧原子 单击 ，则 激活。在其下拉选项中，选择Oxygen。将鼠标移到侧链的第一个碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上。移动鼠标并在3D的合适位置双击左键，这样设置了一个氧原子，终止了链的延续。;5. 编辑原子类型; 总之，首先选择两个原子之间的键，然后在Sketch 工具栏上的Modify Bond Type 按钮来改变键的类型，同样的选项也可以在Modify 菜单下的Modify Bond Type 中找到。 如果要选择多个原子或键，请按下Shift 后再进行选择。如要取消选择，请在结构外单击鼠标左键。;7. 调整氢原子并进行整理;8. 将分子的凯库勒式转化为共轭结构;说明： * Kekulé结构为早期对苯环成键的认识，但不便结构拓扑。 Resonant结构 表示了成键电子离