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生物芯片及其应用 生物芯片 (Biochips) 生物芯片是将大量生物识别分子按预先设置的排列固定于一种载体（如硅片、玻片及高聚物载体等）表面，利用生物分子的特意性亲和反应，如核酸杂交反应，抗原抗体反应等来分子各种生物分子存在的量的一种技术。 生物芯片的分类 生物芯片的分类 根据用途还可以把生物芯片分为两类： 信息生物芯片（information-biochip） 功能生物芯片（function-biochip）。 生物芯片 阵列型 仪器型 化 合 物 药 物 核 酸 多 肽 蛋 白 质 受 体 细 胞 细 胞 器 病 毒 微 小 组 织 样 品 筛 选 浓 缩 放 大 毛 细 管 电 泳 电 介 质 电 泳 色 谱 质 谱 微 型 光 谱 仪 芯 片 实 验 室 基因芯片 (Gene chip) 什么是基因组(Genome) 基因组就是一个物种中所有基因的整体组成 人类基因组有两层意义： —— 遗传信息 —— 遗传物质 从整体水平研究基因的存在、基因的结构与功能、基因之间的相互关系。 人类染色体 人类单倍体基因组 含 30 亿 碱基对 (bp) 的 DNA序列。 编码序列约占3%，非编码序列约占97%。 包括约4 ～ 10万个基因，分布于22条常染色体和 X、Y性染色体。 功能基因组学 基因组DNA测序： 人类对自身基因组认识的第一步。 功能基因组学： 从基因组信息与外界环境相互作用的高度，阐明基因组的功能。 功能基因组学的研究内容： 人类基因组 DNA 序列变异性研究 基因组表达调控的研究 模式生物体的研究 生物信息学 基因组表达及调控的研究 在全细胞的水平，识别所有基因组表达产物： mRNA： c DNA 阵列 蛋白质：二维电泳 — 质谱 研究生物大分子相互作用： 阐明基因组表达在发育过程中的时、空的整体调控网络。 蛋白质组学： 高通量解析蛋白质的高级结构，是连接基因组功能研究和新药开发的桥梁。 基因芯片的产生背景 传统技术的不断改进 基因信息分析规模不断扩大 -人类基因组计划的需求 （Human Genome Program) -后基因组时代的需求 基因芯片发展历史 基因芯片 技术是通过微阵列技术, 将高密度DNA片段阵列通过高速机器人或原位合成方式以一定的顺序或排列方式使其附着在如玻璃片等固相表面，以荧光标记的DNA探针，借助碱基互补杂交原理，进行大量的基因表达及监测等方面研究的最新革命性技术。 微阵列 技术巨大优势在于它可以并行地宏量获取生物信息，借助此技术发展的生物芯片则提供了以核酸杂交为基础的基因水平的表达监控，多态性研究和Genotyping。从而使我们对基因表达调控有更深入的了解。 基因芯片的工作原理与经典的核酸分子杂交方法是一致的，都是应用已知核酸序列作为探针与互补的靶核苷酸序列杂交，通过随后的信号检测进行定性与定量分析。 基因芯片是在一微小的基片（硅片、玻片、塑料片等）表面集成了大量的分子识别探针，能够在同一时间内平行分析大量的基因，进行大信息量的筛选与检测分析。 基因芯片主要技术流程包括： 芯片的设计与制备； 靶基因的标记； 芯片杂交与杂交信号检测。 1992年世界第一块原位合成基因芯片在美国Affymetrix诞生 1995年世界第一块微矩阵基因芯片在Stanford大学实验室诞生 -- Science. 1995,270: 467-470 基因芯片的历史 八十年代末期俄美科学家提出杂交法测序 芯片常用制备方法的比较 原位合成 高密度（可达40万点/1.6平方厘米） 25bp DNA 测序分析，寻找点突变 微量点样（针点、喷墨〕 较高密度（可达10万点/6.5平方厘米） 500~5000bp DNA、抗体抗原、受体药物等 对比分析 DNA芯片 cDNA芯片：通过PCR方法制备探针，然后用芯片点样仪把探针点在芯片基质载体上。不要求知道DNA序列。 寡核苷酸芯片：通过在芯片上原位合成；或者先合成寡核苷酸探针，再用芯片点样仪把探针点在芯片载体上。要求DNA的序列已知。特异性好。 Commercial chip Human Rat Mouse Drosophila E. coli Yeast Zebrafish Spotter machine Spotter stage Spotter head Spotter pin Home-made chip 基因芯片技术流程 Basic procedure Operation flow chart 对照样品 RNA 核酸提取 cDNA 核酸标记 提纯 芯片杂交 靶分子 正常细胞和癌细胞 野生型和敲除型 野生型和激活型 条件1和条件