第9章生物分子网络软件实习-12-16要点.ppt

生物分子网络软件实习 ——网络结构显示与分析 内容提纲： 背景介绍 熟悉Cytoscape软件界面和操作，熟悉网络文件格式 导入网络数据，插件下载安装和使用 网络模型分析 Cytoscape---- 开源的系统生物学网络分析软件 Cytoscape 开源的生物信息学软件平台 an open source bioinformatics software platform 可视化 Visualizing molecular interaction networks and biological pathways 数据整合 Integrating networks with annotations, gene expression profiles and other state data 插件 Plugins are available for network and molecular profiling analyses, new layouts, additional file format support, scripting, and connection with databases Cytoscape目前最新版本: 2.7.0 Cytoscape Cytoscape 2.6.3可由/download.php?file=cyto2_6_3 下载得到，下载前需要进行简单的注册，输入姓名、单位、email信息即可。 Cytoscape同时支持Windows、Mac和Linux/Unix。 Cytoscape基于java平台，需首先安装java运行环境，该软件可由/zh_CN/download/manual.jsp 下载得到。在本教案中我们选择windows版本的Cytoscape, 下载安装。 2 3 4 1 Cytoscape可以直接导入网络数据（Remote），也可以打开本地文件（Local） 。 在本练习中，选择点击本地文件(Local),选中sampleData文件夹中的test.sif, 然后点击Import. PFN1 pp WIRE PFN1 pp XPO6 PFN1 pp APBB1IP PFN1 pp ENAH PFN1 pp MLLT4 PFN1 pp VASP PFN1 pp WASL PFN1 pp GPHN A1BG pp CRISP3 SEMG1 pp SEMG2 SEMG1 pp TGM1 SEMG1 pp PRKCA KLK3 pp PZP KLK3 pp FN1 KLK3 pp SERPINA5 KLK3 pp IGFBP3 ……. pp ………. 可用写字板打开相互作用网络文件(sif格式) 左右两列（1和3列）分别是两个有相互作用关系的蛋白名字 中间的“pp”(第2列)为蛋白蛋白相互作用缩写（Protein Protein） 文件可用excel自建，相互作用的类型还有pd(protein DNA ), 1 2 3 在导入完毕的时候出现的时候，出现如下提示框，表明有216个目标基因，203个互相联系。点击Close，结束提示框。　 一个红点表示一个生物网络节点，点击任一红点后，可在下方Data Panel窗口看到其ID信息。 导入表达数据库 点击Select 选择test_expression.pvals文件 表达数据库的文件格式： 1 2 3 1 2 3 如果目的基因和内参基因相同，那数值就为“0” 点击Open VizMapper Cytoscape：plugins 分析插件（Analysis Plugins） ：用来分析网络 网络属性插件（Network and Attribute I/O Plugins）：用来帮助导入不同格式的数据信息 网络推理插件（Network Inference Plugins）：用于推理新网络 功能增强插件（Functional Enrichment Plugins） ：用于网络功能增强 通讯/脚本插件（Communication/Scripting Plugins）： 用于通讯和或编辑Cytoscape脚本 其他：不属于以上任何一种 BiNGO: determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically over-represented in a set of genes. Cerebral: Given an interaction network and subcellular localization annotation, Cerebral automatically generates a view