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第一部分：SNPs多态性位点相关知识 主要内容： 一、单核苷酸多态性二、连锁不平衡分析 三、单体型分析四、应用举例 一、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)1. SNPs概念1）SNPs指染色体DNA 序列中的某个位点由于单个核苷酸的变化而引起的多态性，在群体中的频率1%。 SNP SNPAACACGATCCGCCATGATATCAGTGACCGTAAACACGATTCGCCATGATATCAATGACCGTA 2）SNPs的基本类型SNPs属于二等位基因,有两种基本类型： 转换：嘧啶置换嘧啶C-T，嘌呤置换嘌呤G-A 颠换：嘧啶与嘌呤互换 C-A(G-T) C-G(G-C) T-A(A-T) 转换:颠换=2:1（G-A）GpC岛SNPs发生率较高，约占总SNPs25%，主要是C-T。可能胞嘧啶是最易发生突变位点；且大多数是甲基化的,自发脱氨基形成胸腺嘧啶。 2. SNPs的特点1）数量多、分布广：一个个体至少携带300万SNPs，平均300-1000pb有一个SNPs。有学者推测基因组约有1000万个SNPs。2）相对稳定：每一代中每个核苷酸变异频率极低(10-8)，且这种变化的随机性。3）易于快速筛查和基因分型：SNPs的二态性标记，非此即彼。有利于实现高通量、自动化的筛查和分析。 3. SNPs的基因型 1）a. 人体除性染色体外，每个染色体都有两份，个体所拥有的一对等位基因的类型称作基因型。 b. 例如，一SNPs(A/G)，则个体在该位点的基因型则： c. 检定个体的基因型，被称作基因分型。2) 基因型与表现型a. 表现型(表型)：指由不同基因型与环境共同作用,而生物体可观测到的物理或生理性状（如疾病）。b. 寻找基因型与表现型的关系是遗传学的基本目标。 基因型 环境 表现型(疾病)d.寻找基因型与表现型的关系是遗传学的基本目标。 4. SNPs可用于发现致病基因 1）a. 大部分SNPs都不具有这种功能性的变异，但是可以作为寻找致病基因的标志（路标）。致病基因？ SNP1？ SNP2？ SNP8在这… 致病基因 2) 为了寻找致病基因所在的区域，可以将病人和正常人的SNPs等位基因的频率进行比较。 SNPs-疾病相关性提示:致病基因可能存在于SNPs所在的染色体区域. 5. SNPs分析: 基于实验的分析方法1) 未知SNPs 温度梯度凝胶电泳(TGGE)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、单链构象多态性(SSCP)、变性高效液相色谱检测(DHPLC)、限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)； 发现含有SNP的DNA链: 测序 2）已知SNPs突变错配扩增检验、实时定量PCR技术、焦磷酸微测序技术、荧光偏振光技术、基因芯片技术； 提示：SNPs的实验分析方法可用于基因型的分析 6. SNPs分析: 基于公共数据库的方法1）利用数据库中的大量序列信息，采用生物信息学软件，用计算机自动识别,是发现SNPs的新策略和重要方法。2）与癌症和肿瘤相关的候选SNP数据库：3）适于生物医学研究的SNP数据库：4）人类SNP数据库： 二、连锁不平衡分析1.连锁不平衡 （一）连锁不平衡概念1) 连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD），又称等位基因关联，是指同一条染色体上，两个等位基因间的非随机相关。即，当位于同一条染色体的两个等位基因（A，B）同时存在的概率，大于人群中因随机分布而同时出现的概率时，就称这两个位点处于LD状态。 假设：位于同一条染色体相邻两个SNP： a. 组合方式（单体型） ： AB， Ab， aB： ab。b. 如果A与B无LD：两个SNP的等位基因相互独立，随机组合，概率为AB:Ab:aB:ab=0.25: 0.25:0.25:0.25，AB组合的频率： fAB= fA×fB（ 等位基因频率）c. 如果A与B存在LD： A与B连锁，当完全连锁时概率为AB:ab=0.5:0.5， AB组合的频率fAB= fA×fB +D，（D表示两位点间LD程度)d. LD定义式: D= fAB - fA×fB2）LD的产生原因:a. LD 是由突变或重组形成的。在染色体某一SNP附近有新的突变产生时，则LD出现。 重组的发生：两位点间LD程度↓