Non-coding-RNA---维持机体平衡的光谱调控分子(2012第一讲上)课件.pptVIP

Non-coding-RNA——维持机体平衡的广谱调控分子 李奇 研发部经理 基因芯片与生物信息领域从业9年 生物调节网络——越来越全面的视角 基因数量的矛盾 根据人类基因组序列预测，共3～4万个基因 根据EST序列，获得10万个基因 大量垃圾序列存在的理由 回顾以往矛盾的结果 基因组上的所有信息如何表现 CDS hRNA Regulaory RNA RNA调控网络——更广的生物信号调节网络 RNA调控网络 蛋白间作用网络 代谢网络网络 RNA-RNA RNA-DNA RNA-蛋白质 DNA调控网络 DNA-蛋白质 染色体修饰 长链非编码RNA调控基因表达量 非编码RNA的两种调控方式 顺式调节(Cis) 反式调节(Trans) 1 2 3 4 5 1 2 3 4 5 非编码RNA反式调节的方式1：转录激活 1 2 3 4 5 This gene encodes both non-coding RNAs and protein products that function as transcriptional coactivators for steroid receptor-dependent gene expression. Non-coding RNAs from this gene may also play a role in myogenesis by mediating the transcriptional activity of myoblast determination protein 1. Expression of this gene may play a role in multiple malignancies including breast cancer and prostate cancer. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms and non-coding RNAs have been observed for this gene ncRNA PANDA募集转录因子NF-YA，启动细胞凋亡通路 非编码RNA反式调节的方式2：转录抑制 1 2 3 4 5 ncRNA指导的DNA甲基化 DNA 从头甲基化转移酶 H3K9 Cell 2011 ncRNA- and Pc2 Methylation-Dependent Gene Relocation between Nuclear Structures Mediates Gene Activation Programs 转录因子网络定位LncRNA的靶标 转录调控的检测——以ER转录因子为例 35 bp resolution ncRNA ncRNA 检测工具选择 长链非编码RNA对基因表达的调控作用 1 2 3 A F E D C 4 1 2 3 4 C 5 5 1 2 3 5 4 E D 转录抑制 诱发染色质重组 组蛋白修饰 致转录激活 可变剪切 诱发Dicer酶活性， 生成内源 siRNA miRNA前体， 合成miRNA 激活转录因子活性 3’ 5’ B B LncRNA 共表达网络——长链非编码RNA与编码基因互作 Nature Genetics 2010 Notably, there was no significant correlation or anti-correlation between most of the 216 lncRNAs and the nearby protein-coding mRNA, suggesting that most of the lncRNAs may not function in cis to activate or repress nearby mRNA expression 非编码RNA的顺式调控方式——稳定RNA Nature Medicine 2010 Expression of a noncoding RNA is elevated in Alzheimer’s disease and drives rapid feed-forward regulation of β-secretase expression 早发老年性痴呆病中BACE1-AS高表达导致BACE1 mRNA稳定性增高，蛋白积聚，体现了ncRNA的毒性效应 BACE1 BACE1-AS 基本分析要素 检测工具选择 长链非编码RNA调控编码基因结构 基因表达的若干种现象 Genome-wide analysis of transcript isoform vari