Chimera图像教程密度显示.docVIP

图像教程：密度显示 ?A: B:? 背景 这些图像显示了蛋白数据库条目2fma的一部分， Alzheimers amyloid precursor protein APP copper-结合域, 同时它的电子密度图 2fo-fc 由电子密度服务器提供。 图像 How-To 这里的方法仅仅是一个例子；达到形似的结果通常有很多种路线。也可以参考： presets, tips on preparing images, and Chimera 网站, 中的Image Gallery 和Guide to Volume Display 开启Chimera，按要求放大窗口。显示命令行（例如，使用Favorites... Command Line）。 从蛋白数据库 取回 2fma结构，然后应用预设值 #2 显示所有的原子和杂原子color-coding: Command: open 2fma Command: preset apply int 2 从 Electron Density Server取回此结构的密度图。 Command: open edsID:2fma Click Volume Viewer 对话框的小眼睛图标，先隐藏电子密度图。随时用鼠标按你的要求进行移动和放大操作。 由于一个目的就是显示可替换的构象的例子，通过标签对可替换的构象的残基和原子进行识别。 Command: rlab @.a Met-170 和Glu-183有可替换的构象；选择Met-170 附近的一段残基作为图形。只显示残基168-170和其相邻残基的骨架。 Command: ~rlab Command: show :168-170 Command: focus Command: disp :167,171@n,ca,c,o 改变到stick表示方法，使棍更细。 Command: rep stick Command: setattr m stickScale 0.5 只选择侧链Tyr-168 和Met-170; 这次选择将会用于把密度显示限定到一个区域。 Command: sel :168,170 without CA/C1 without CA/C1 部分是进入菜单 Select... Structure... side chain/base... without CA/C1的简洁方法。所有在Select... Structure下的终端菜单可以用作command-line specifiers。 在Volume Viewer中, 点击眼睛图标，使密度显示恢复。 从菜单选择Features... Zone，点击出现在对话框中的Zone按钮。然后，可以取消选择（例如，在空区通过ctrl-点击鼠标左键），但是区域半径仍然可以调整。本图中区域半径设置为1.96 ?。 柱状图的垂直栏 threshold 代表了轮廓水平； 要改变水平，用鼠标或者键盘在柱状图下面的level区输入不同值拖拽threshold到左边或者右边。 要改变Color, 点击柱状图下面的正方形 color well ，使用Color Editor 要添加另一个轮廓水平，Ctrl-点击柱状图; Level 和Color的变化应用最近拖拽或者点击最临界的。 从菜单选择Features... Surface and Mesh Options 显示额外的显示设置。 Figure A的Volume显示设置 除了默认值 Style mesh two contour levels: Level 0.426, Color RGBA 0.36 1.0 1.0 0.636 Level 2.06, Color RGBA 1.0 0.0 1.0 1.0 magenta turned on Smooth mesh lines Mesh line thickness 1.5 pixels Figure B的Volume显示设置 除了默认值 Style surface two contour levels: Level 0.426, Color RGBA 0.36 1.0 1.0 0.4 Level 2.06, Color RGBA 1.0 0.0 1.0 0.6 turned on Surface smoothing iterations 2 factor 0.3 使用 2D Labels Tools... Utilities下面 添加标签文本。标签对于两个图片想吐。点击图形窗口开启一个标签，输入内容。每一个标签可以通过拖拽改变位置，通过点击color well和使用Color Editor可以调整其颜色。字体