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生物信息学上机作业 一 生物信息数据库信息检索 上机内容： 1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。 NCBI(/):是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。 DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/）：日本DNA数据库，DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库 EMBL（http://www.ebi.ac.uk/）：欧洲分子生物学实验室EMBL（The European Molecular Biology Laboratory），于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，及三个位于德国Hamburg，法国Grenoble及英国Hinxton的研究分部。 了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学网站。 北京大学 生物信息中心 HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/embl / 复旦大学 理论生物中心： HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/embl http://tlife.fudan,/ 天津大学 生物信息中心： HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/embl / 上海生物信息技术研究中心： HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/embl /index.php 了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如：生物秀、生物谷生物信息学 生物秀/ 生物谷/bioinfo.htm 4、利用NCBI的Entrenz查询系统索文献和核酸或蛋白质序列。 （phyA）并对照所学复习各字段的含义。 PU4_plate12_D18 PU4 Prunus persica cDNA similar to identical to photoreceptor PHYA (PHYA) gene [Prunus persica], mRNA sequence GenBank: DY649091.1 HYPERLINK /nucestreport=genbank GenBank HYPERLINK /nucestreport=fasta FASTA IDENTIFIERS dbEST Id: EST name: PU4_plate12_D18 GenBank Acc: DY649091 GenBank gi: CLONE INFO Source: Herman Silva ( HYPERLINK mailto:hsilva@unab.cl hsilva@unab.cl) Insert length: 631 DNA type: cDNA PRIMERS PCR forward: GTAAAACGACGGCCAGTAGA PCR backward: TAGGAAACAGCTATGACCAT Sequencing: M13FWD = GTAAAACGACGGCCAGT PolyA Tail: Unknown SEQUENCE CTCAGGCTTCGCGGTTCCTATTTATGAAGAATAAGGTCCGAATGATTGTTGACTGTTGTG CAAAACAGGTGAAGGTGCTTCAAGATGAGAAGCTTCCATTTGATCTCACATTGTGCGGTT CAACCCTAAGATCCCCACATAGTTGCCATTTACAATATATGAAGAATATGGAATCTATTG CATCTCTTGTTATGGCAGTAGTGGTTAACGAGGGGGATGATGAGGTAGCCAGTCCTGATT CTGTTCAGCCTCAAAAAAGAAAGAGACTTTGGGGTTTGGTAGTATGTCATAATACAAGTC CAAGATTTGTTCCTTTCCCTCTCAGGTATGCCTGTGAGTTTCTAGCTCAAGTATTTGCCA TCCATGTCAATAAGGAAATAGAGTTGGAAGATCAGATGGTTGAGAAGAACATCCTGCGCA CCCAAACGCTGTTGTGTGATATGTTGTTACGAGATGCACCCTTGGGTATTGTGTCACAGA GCCCTAATATTATGGATCTAGTGAAATGTGATGGAGCTGCCCTATTATACAAG