蛋白质二级结构.pptVIP

复旦大学生物化学系 蛋白质的二级结构 Secondary Structure of Proteins 蛋白质具有唯一的化学结构 一个经典蛋白质的共价骨架含有数百个化学键，由于围绕这些化学键发生的可能的自由旋转，蛋白质分子可能有无限个空间构象。然而每个蛋白质具有一种特定的化学或结构上的功能，表明每一种蛋白质只有一个唯一的三维结构。1920s后期，几种蛋白质被结晶，包括血红蛋白（Mr 64500）和脲酶（Mr 48300），表明多数蛋白质能被结晶，即使非常大的蛋白质也能形成唯一的结构，支持蛋白质结构和功能之间的必然关系。 Native Proteins 蛋白质中原子的空间排列是蛋白质的构象，一个蛋白质的可能构象包括在不打破共价键的前提下的任意的结构状态。如单键旋转可以导致构象的改变。一个蛋白质分子中有数百个单键，理论上存在无数的构象，生理条件下，会呈现一个或几个主要的构象状态。在特定条件下存在的构象通常是热力学上最稳定的构象，具有最低的自由能。处于功能及折叠状态构象的蛋白质被称为天然蛋白质（native proteins）。 蛋白质的构象由弱的作用力维持 蛋白质结构上的稳定性可以定义为维持天然蛋白质构象的趋势或能力。天然蛋白质是稳定的，生理条件下拆开蛋白质折叠及非折叠状态所需要的能量在20-65 kJ/mol。 打破一个单的共价键需要200-460 kJ/mol，而弱的作用力在4-30 kJ/mol。单个共价键对维持蛋白质构象的作用要比单个非共价键作用的要强得多。但由于非共价作用的数量多，非共价作用仍然是维持蛋白质结构的主要作用。通常具有最低自由能的蛋白质构象（最稳定的构象）是最大数量弱相互作用力所维持的那种。 疏水作用对维持蛋白质的构象重要 蛋白质的内部通常是疏水氨基酸侧链紧密包裹的核心。蛋白质内部任何极性的或带电的基团都有一个可以形成氢键或离子作用的配体。一个氢键对于一个天然结构的稳定性几乎没有贡献，但在一个蛋白质的疏水核心内如果存在没有相应配体的氢键作用或带电基团，对蛋白质的构象是绝对不稳定的，热力学上也是不能成立的。蛋白质中基团间氢键的形成是协同的，一个氢键的形成可以促进其他氢键的形成。所有氢键及其他非共价作用对稳定蛋白质的构象的作用仍在讨论，带电相反基团间形成的离子对（盐桥）也是稳定蛋白质天然构象的贡献。 维持蛋白质空间构象的作用力 作用力 破坏因子 氢键： α-螺旋，β-折叠 尿素，盐酸胍 （guanidine hydrochloride ） 疏水作用： 形成球蛋白的核心 去垢剂，有机溶剂 Van der Waals力：稳定紧密堆积的基团和原子 离子键：稳定α-螺旋，三、四级结构 酸、碱 二硫键：稳定三、四级结构 还原剂 配位键：与金属离子的结合 螯合剂 EDTA 蛋白质高级结构的原则 疏水残基主要被包埋在蛋白质的内部，远离水的作用。极性或带电残基主要存在于蛋白质的表面。 蛋白质分子中的氢键数量被最大化。 不溶性蛋白质或膜中的蛋白质由于它们的作用或环境遵循不同的规则，但弱的作用力对它们的结构仍然是关键的作用。 蛋白质结构的层次 一级结构：氨基酸序列 二级结构：α螺旋，β折叠 超二级结构 Module 结构域（domain） 三级结构：所有原子空间位置 四级结构：蛋白质多聚体 肽键的特征-肽键是一个刚性的平面结构 多肽链折叠的空间限制 肽键C-N的双键特性限制了肽键的旋转，肽链上重复出现的肽键平面成为肽单位(peptide unit)或肽基(peptide group)。肽链主链上只有?碳原子链接的两个键是单键，可自由旋转。为表示C? 旋转形成的键角，将N-C?的键角标为?(phi)， C?-C的键角标为?(psi)。当多肽处于完全伸展构象即所有肽基处于同一平面时，?和?为1800，因此?和?可以是-1800和+1800之间的任意值。但由于肽链骨架和氨基酸侧链之间原子的立体干扰会阻止其中很多值的出现。 两个肽平面以一个Cα为中心发生旋转 拉马钱德兰图Ramachandran plot 印度生物物理学家G. N. Ramachandran，第一个计算出sterically allowed region。他以?角和?角为坐标轴，作出Ramachandran plot。它可以精确地从蛋白质的结构里画出除glycine外的所有氨基酸。 阐述蛋白质或肽立体结构中肽键内α碳原子和羰基碳原子间键的旋转度对α碳原子和氮原子间键的旋转