老鼠第号染色体上同Rada基因相互作用的区域，这些相互作用被.docxVIP

在基因组学领域，细胞核目前仍是一个未知的领域，我们对于其动态性状了解得如此之少是一件令人尴尬的事。为了解基因组的工作方式，仅知道DNA序列是不够的，我们还必须研究染色体的结构——三维基因组冯 凯 韩 龙 石 磊/编译基因组学的下一个前沿是空间结构，即盘绕在细胞核中的染色体的三维结构。染色体的空间结构并不是随机地将2米长的DNA包装进一个横跨可能10微米的球体中，它是随细胞的类型而变化，并对基因表达产生迄今仍很神秘的影响。德国慕尼黑路德维希马克西米利安大学的遗传学家托马斯·克莱莫（Thomas Cremer）说，破译染色体三维结构对功能的影响将面临很多困难，尤其是研究人员仍在尝试发现染色体是如何随细胞变化而改变的。克莱莫自1970年代以来一直在研究基因组的空间结构，他说：“细胞核仍是一个未知的领域，我们对于其动态性状了解得如此之少是一件多么令人尴尬的事。”近几十年来已知的基本知识是：DNA双螺旋盘绕着被称为“组蛋白”的蛋白质而形成“染色质”链，染色质链再装配成染色体。但是，当提到染色体自身的扭曲和旋转时，英国剑桥巴布拉汉研究所从事基因组研究的生物学家彼得·弗雷泽（Peter Fraser）认为，其中的远程相互作用似乎难以让人置信。“即便有很多的结构，目前仍不清楚基因组的空间结构在扮演何种角色。人们过去假定，在细胞核中相距5万个碱基的序列不能彼此发现。” 荧光原位杂交能显示出细胞核中基因的位置。图为人类第16号染色体上一个富含基因区域（含50万个碱基）的球形构象现在，科学家知道这种远程相互作用一直在发生。2002年，弗雷泽的实验室成为了首批检测到“远程环状相互作用”的实验室之一，该作用能使基因序列与远处的调控元件发生物理接触，包括失活的染色质通常被分流到细胞核的边缘（在老鼠的视网膜细胞中这种排列是相反的），能使更多的光到达视网膜的光受体。基因组的空间结构是非常重要的，如果发生改变，将会带来严重后果。例如，一种被称为“伯基特氏淋巴瘤（Burkitt’s lymphoma）”的淋巴系统癌症，是由第8号染色体中的一段“竖”在第14号染色体上导致的，反之亦然。发生这样的情况，是因为白细胞中的染色体排列自身的方式出了问题——转录期间集合在一起的基因其发生染色体易位的频率更高。已经发现，多种类型的癌症都与影响染色质结构的蛋白质发生突变有关。研究人员推测，不编码基因的DNA片段中发生的与疾病有关的突变，能够改变远程相互作用。结构中的答案研究人员很早就已知道，DNA序列和组蛋白被“贴上”了化学修饰的“标签”，这些修饰在“打开”或“关闭”基因的同时，可以给这些“表观遗传”修饰进行分类。新加坡基因组研究所的生物学家阮一俊（音译）认为，染色质的三维结构反映了表观遗传调控的一个更高层次，这一点日益明晰。他开发出一种能发现特异性蛋白质介导的远程相互作用的技术，现正从染色质折叠、移动和通讯的角度寻找答案，而不是假定基因的活性完全是由沿着线性DNA序列的化学附件决定的。而且，这种探讨正逐渐形成包括像“染色质网络”、“染色体相互作用组”和“空间表观遗传学”等概念。乔布·德克一系列的技术创新也正开始揭示这些概念的意义。例如，新型的显微镜能让研究人员更准确地看到更多的细胞核，以此开展的实验能允许研究人员确定相互作用的DNA序列，或将DNA序列在细胞核内定位。但挑战依然存在，因为染色体的运动是动态的、不确定的，这给检测带来很大的困难，而搞清楚基因组构造是如何影响基因活性的则更困难。直到本世纪初，几乎所有对染色体排列的研究都依赖于显微镜技术：研究人员从中能够标记DNA序列或与此相关的分子，然后观测这些标记的区域在细胞核内的位置。但染色质链只有大约10纳米厚，传统荧光显微术的分辨率最高是200纳米，因此能揭示出两个基因座彼此接近，但无法判断它们是否连接在一起。如果相互作用很脆弱或很短暂，显微术也就无能为力了。 英国伍斯特大学医学院从事基因组学研究的生物学家乔布·德克（Job Dekker）早年在哈佛大学的专业方向是研究细胞分裂的力学作用，当时他想绘制出介导染色体间相互作用的DNA序列。一天在去实验室的路上，他突然想到了通过阻碍彼此靠近的两条染色质链来“捕捉”相互作用，从而把双链DNA“溶解”成单一分子。德克说：“刚开始工作就遇到一个难题——两个基因座在三维结构中位于何处？如果通过一系列分子步骤把它转变成一个简单的问题，仅仅是对一个DNA片段进行测序。”德克的这一想法成就了一项技术，在2002年出版的文献里被称为“染色体构象捕获”，这项技术后来产生了很多变体，但其基本原理是相同的。具体的实验从“交联”开始：用甲醛浸泡细胞，把DNA粘到与之关联的蛋白质上，然后用限制性酶把DNA切碎，或用超声波把DNA剪断，得到的是纠缠在一起的DNA和蛋白质的“毛球”。 进一步的实验方案就不同