4核酸序列1(方中明)课稿.pptVIP

2密码子使用偏好性分析 某一物种或某一基因通常倾向于使用一种或几种特定的同义密码子 密码子使用偏好性与基因产物的时空的表达量、表达产物的结构及功能之间有着密切的关系 密码子使用偏好性分析工具： Codon Usage Database(http://www.kazusa.or.jp/codon/) Codon Usage Analyzer 密码子分析数据库： Codon Usage Database Codon Usage Database查询结果 /codon/cgi-bin/codon.cgi 注释流水线 基因组计划产生的大量序列数据要求注释必须连续进行。数据从一端输入而注释从另一端输出来，这就是注释流水线的特征。流水线从测序、拼接和质量控制等工作开始，然后利用相关的预测工具对得出的数据进行信息挖掘，再集成到合适的数据库中。 大量序列的不断产生，对序列的注释也越来越依靠计算机和相关软件的自动注释。并产生了注释流水线的概念。 SAVVY，是由日本基因组数据库开发的一个图形化注释工具。该工具的方便之处在于能够对序列进行注释的同时以图形化的方式显示注释后的结果，最后还能够以XML格式保存到本地电脑，从而方便我们构建相应的数据库进行存储。 http://gdb.jst.go.jp/SAVVY/ http://gdb.tokyo.jst.go.jp/HOWDY/suppl/edit.htm SAVVY主页 保存文件名 编辑效果显示窗口 编辑窗口 可以完成对注释信息的添加、修改、删除。 保存文件 四、序列翻译 所谓序列翻译，是指用计算机程序把核序列按三联体密码规则翻译成蛋白质序列。 6框架翻译，即从正向1，2，3位碱基开始按三联体密码规则翻译成3条蛋白质序列以及从反向1，2，3位碱基开始翻译得到3条蛋白质序列，共6条蛋白质序列。 问题： 究竞蛋白质序列是不是真正表达的蛋白产物？ 方法： 1）对于已知蛋白，可进行数据库搜索判断序列的可靠性。 2）对于未知新基因，则需要参考序列的其他特定信息。 许多程序对DNA序列一次进行全部6个阅读框的翻译。 程序之一：EBI著名软件包EMBOSS中的Transeq http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq/ 特点： 1）输入序列可以是原始序列，也可以是GCG，Fasta，EMBL，GenBank，PIR等格式。 2）可一次翻译成1条，同向3条，双向6条蛋白质序列。 3）翻译时可选择标准密码子或其他类型的密码子 Transeq主页 翻译结果（6框架） 程序之二： ExPASy的Translate Tool /tools/dna.html 特点： 1）程序简单，没有太多的可选项，运行速度快。 2）一次翻译双向6条蛋白质序列。 3）输出结果较Transeq清楚，不仅将终止密码子用Stop英文单词表示，还将起始密码子以MET标记出来 * 第四章 核酸序列分析 §4.1.1核酸序列测定 世界大型基因组研究中心 美国：1) National Human Genome Research Institution in NIH 2) Genome Center at White Head/MIT 3) Washington University Genome Center 4) Joint Genome Institution at DOE 5) Genome Center at Baylor Medical Collage 英国：Sanger Center 日本：RIKEN 中国：华大基因研究中心（北京、深圳、杭州、武汉） 国家人类基因组中心（北京、上海） 大规模基因组测序的几个支撑技术 Sanger双脱氧末端终止法（1977） PCR 技术（1985） DNA 自动测序仪的发展（ABI,1995） 生物信息学分析软硬件设施 一、第一代测序技术 大规模基因组测序的两种策略 逐步克隆法--基于BAC的方法（Clone by Clone） 先把基因组打碎成200－300kb的片段并制成BAC文库，再选择一些BAC进一步打碎成3kb左右的小片段，测序并拼接(BAC克隆的覆盖率不应低于3倍)，。 全基因组霰弹法-鸟枪法（Whole Genome Shot-gun) 把基因组直接打碎成3kb左右的小片段，测序并拼接。 ………ATGCCGTAGGCCTAGC