基于SRAP和IRAP标记的野生君迁子居群取样策略分析.docVIP

基于SRAP和IRAP标记的野生君迁子居群取样策略分析 　　摘要：君迁子（Diospyros lotus L.）是中国栽培柿（D. kaki Thunb.）的主要砧木，其适应性和繁殖能力强，表型变异丰富，存在多个变种和近缘种，在国内广泛分布。目前，有关君迁子居群的取样策略尚不完全清楚。试验以1个野生君迁子自然居群（40个单株）和8个外类群种质为试材，利用SRAP和IRAP标记技术分析其居群取样策略。结果表明，20对SRAP引物扩增出188条谱带，多态性比例为94.68%；9条IRAP引物共扩增出102条谱带，多态性比率为95.10%。UPGMA聚类分析表明，君迁子居群分别与柿和浙江柿（D. glaucifolia L.）独立成组。供试君迁子居群遗传多样性信息参数随取样梯度的增加（5～35个单株）而增加。Nei’s基因多样性指数（H）在取样梯度为20个单株时达到总体的95%以上，Shannon信息指数（I）和多态性位点百分率（PPL）在取样梯度为25个单株时分别达到总体的95%以上，随着取样梯度的进一步增加，Nei’s基因多样性指数、Shannon信息指数和多态性位点百分率数值趋稳。综上所述，基于遗传多样性信息参数（H、I、PPL）的居群取样单株数量建议为20～25个单株。 　　关键词：君迁子（Diospyros lotus L.）；分子标记；居群取样策略；砧木 　　中图分类号：S665.3 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2016）11-2838-05 　　DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2016.11.031 　　君迁子（Diospyros lotus L.；2n=2x=30）是柿科（Ebenaceae）柿属（Diospyros L.）植物中除栽培柿（D. kaki Thunb.）外的重要果树，别名黑枣、软枣、高加索柿等，是柿重要的砧木资源[1，2]。君迁子适应性和繁殖能力强，分布范围广，表型变异丰富[3]，存在多个变种和近缘种[4]，与富有（D. kaki cv. Fuyuu）系甜柿品种嫁接的亲和性表现复杂[5，6]。有效保护和利用柿习用砧木君迁子及其所蕴藏的丰富遗传资源对柿产业的可持续发展具有重要意义。野生种质资源的调查和采集受到人力和物力的限制，通常不能对某个居群的所有个体或某个物种的所有居群都进行采集或保护，只能采集或保护其中的一部分，然而人们又希望获得尽可能多的遗传变异以代表居群或物种的整体遗传多样性水平。因此，开展对野生种质资源遗传多样性调查、保护和利用的研究，首先考虑的问题便是最佳的居群取样策略。遗传多样性的取样策略是指对一定地理分布范围内的生物个体取样时，使样本具有代表性和包含尽可能多的遗传变异信息的最佳取样方法[7]；它在很大程度上受到生物自身特性、生长环境和取样目的的影响。试验以一个野生君迁子居群的40份单株和华中农业大学柿圃活体保存的7份柿品种及1份浙江柿（D. glaucifolia L.）种质为试材，基于SRAP（Sequence-related Amplified Polymorphism）和IRAP（Inter-retrotransposon Amplified Polymorphism）标记技术分析君迁子居群的最佳取样策略，以期为国内野生君迁子种质野外科学采集、生物多样性保护的研究提供工作基础。 　　1 材料与方法 　　1.1 植物材料 　　供试材料共48份，其中40份单株采自位于大别山东部的安徽省六安市金寨县天堂寨镇马石村（北纬31.1885°-31.1889°；东经115.7691°-115.7695°；海拔为600～710 m）的一个君迁子自然居群；采用简单随机取样方式进行居群内单株取样。富有、松本早生（Matsumoto-wase fuyuu）、上西早生（Uenishi-wase）、次郎（Jirou）、前川次郎（Maekawa-jirou）、阳丰（Youhou）和罗田甜柿（Luotian Tianshi）7份栽培柿（2n=6x=90）品种及1份浙江柿（2n=2x=30）种质均采自华中农业大学柿圃（北纬30.4772°，东经14.3603°，海拔为30 m）。 　　1.2 DNA提取 　　利用CTAB法[8]提取幼嫩叶片基因组DNA；采用Nano Drop 2000超微量分光光度计和琼脂糖电泳检测DNA质量。 　　1.3 SRAP标记扩增 　　SRAP扩增参考Guo等[9]研究结果，采用20 μL PCR反应体系，含1×Buffer，2.5 mmol/L Mg2+，正向和反向引物各300 nmol/L，200 μmol/L dNTPs，50 ng模板DNA，1 U Taq酶。PCR反应程序为94 ℃预变性5