蛋白质间分子动力学模拟及数据分析解析.pptVIP

蛋白质的结构和对接 在进行模拟之前，我们首先要获得的是蛋白的结合配体后的复合物结构，蛋白和配体复合物如果已经被测出来那是最好不过的了，但是如果没有，就需要我们用软件将蛋白质与其配体进行对接。蛋白质间的对接常用的软件有Zdock，GRAMM，Hex 等， 以上的三种软件都有本地版和在线版，简单的直接用在线版，提交两个蛋白的结构之后，网站进行计算后将结果发给我们。还有一种极端情况是我们所研究的蛋白质的结构没有被测出来，只有该蛋白的氨基酸序列。在这种情况下，在对接前我们可以将该蛋白的氨基酸序列提交给I-TASSER onlie（也分为本地版和在线版）来预测出该蛋白的结构。 模拟软件及文件 1、模拟所需要的软件 NAMD，Ambertools，VMD。 NAMD为执行模拟的软件； Ambertools提供所需力场和进行结合能等的计算； VMD为成像和分析软件，将模拟轨迹进行图像呈现 2、模拟所需要文件 对接的复合物结果（pbd格式） 准备工作 一、特殊氨基酸处理 原理: 半胱氨酸(Cys)有两种存在形态,有的是两个半胱氨酸通过二硫键相连,有的则是自由 的,两种半胱氨酸在力场文件中是用不同的 unit 来表示的,这相当于是两个完全不同的氨基酸,需要手动更改蛋白质文件中半胱氨酸的名字。组氨酸(His)有若干种质子态,和半胱氨酸一样,也需要查阅文献确定它的质子态,并更改残基名称