31蛋白质分子设计.ppt

第三章蛋白质结构改造 主要内容 第一节 蛋白质分子设计 第二节 蛋白质的化学修饰 第三节 蛋白质的分子生物学改造 第一节 蛋白质的分子设计 分子生物学最激动人心的进展之一是能够设计和生产新型的蛋白质分子。 重组DNA技术使人们能够定向改变蛋白质中的氨基酸序列，包括氨基酸的取代、插入或缺失，甚至包括蛋白质的融合等。 蛋白质工程是在深入了解蛋白质结构与功能关系的基础上，利用化学和分子生物学方法有目的地改造蛋白质，使之性能得到改善。 作为蛋白质工程的组成部分，蛋白质分子设计在其中起着十分重要的作用。 先讲理论 后面举几个例子 蛋白质分子设计策略 分子设计的种类 小改：少数残基的替换，突变或修饰 中改：分子拼接，肽段或结构域的替换 大改：从头设计，全新蛋白质的设计 蛋白质分子设计考虑的因素 氨基酸的性质 电荷 酸碱性 亲水性、疏水性 肽链的特性 多肽链的酰胺平面是刚性的，但酰胺平面之间的相对位置可以变化。 ? C-N-Ca-C ? N-Ca-C-N 蛋白质分子的相互作用 蛋白质-蛋白质相互作用类别 酶-底物相互作用 受体-配体相互作用 抗原-抗体相互作用 蛋白质-蛋白质相互作用力 氢键 静电作用 范德华作用 氢 键 强极性原子上的氢原子与带负电荷的原子的作用。 作用距离一般在3?以内。 范德华作用 所有距离在4?之内的原子之间的作用 非极性基团之间的作用距离在4?之内（疏水作用） 蛋白质分子设计的应用 酶稳定性的改善 药物设计 抗体分子的人源化设计 蛋白质分子的模拟肽设计 蛋白质分子改造 蛋白质的从头设计 酶稳定性的改善 酶的稳定性。 在蛋白质工程的实践中，一般可以通过在酶分子内增强分子内的作用（增加二硫键或静电作用）来提高酶分子的稳定性。 药物设计 三个层次： 一是小分子化合物的药物设计。 二是多肽分子的药物设计，通过研究多肽分子与受体的相互作用情况来进行分子设计。 第三种情况是蛋白质大分子的药物设计，主要是设计能够改变蛋白质天然性能的新型突变体。 基于结构的药物设计 确定靶蛋白的结合口袋，以结合口袋的结构环境设计药物； 未知受体结构时，根据具有相同或相似生物学活性的已知化合物的结构叠合，反推受体结合口袋的可能结构环境，根据推测的受体结合口袋进行新型药物设计。 蛋白质分子的模拟肽设计 骨架残基设计，肽库筛选 以结构为模板的分子设计。 抗体分子的人源化设计 抗体分子在导向药物和很多疾病的治疗中有明显优势，但一般人们目前研究较多的鼠源性抗体，它们在人体中会产生免疫反应。消除鼠源性抗体的免疫原性，使其人源化，是目前抗体工程领域重要的研究方向。 蛋白质分子改造 突变体设计 融合蛋白设计 我们关心的蛋白质属性: 活性、稳定性、特异性、免疫原性、半衰期、功能分解或组合、聚合性质等 蛋白质的从头设计 从头设计是指从蛋白质的一级序列出发，按照研究者的意愿，设计和制造出自然界不存在的、具有特定的空间结构和生物学功能的全新蛋白质。 蛋白质分子设计的原则 活性设计: 活性中心,催化部位 对专一性的设计: 底物结合部位 框架设计: 蛋白质分子的立体结构设计 疏水基团与亲水基团的合理分布 氨基酸侧链几何排列 为提高一种性能而进行的结构改造对其他结构/性能的影响最小 蛋白质分子设计的实例之一 目标: 核糖核酸酶的热稳定性的提高 已知条件： 核糖核酸酶三维结构已由晶体衍射方法测定。 分子内有两对二硫键 酶的活性中心已经确定 结构分析得到的信息： Tyr24与Asn84正对，二者的Ca之间的距离为6.0A，满足二硫键的特征（二硫键的Ca的平均距离： 4.5- 6.8A），可能形成一个潜在的二硫键。 二者附近没有干扰形成二硫键的基团。 二者离催化活性中心较远，突变后不会影响活性。 设计方案： 将Tyr24与Asn84突变为Cys 实验结果： 突变体的稳定性大大提高 突变体: 55℃ 70%活性 野生型: 55℃ 10%活性 蛋白质分子设计的实例之二 可溶的?干扰素突变体的设计 面临的问题 ?干扰素是一种重要的治疗药物。 在大肠杆菌中表达较难溶解，造成纯化和生产的困难 能否通过蛋白质工程的办法,提高其水溶性? 解决方法 利用鼠的干扰素?的晶体结构预测了人的干扰素?的空间结构。 根据模建的人干扰素?的三维结构，计算分子表面，确定了表面暴露的残基。 根据文献报道，知道了人干扰素?的功能残基。 选择了5个远离功能残基的、位于表面的苯丙氨酸和亮氨酸 疏水氨基酸 ，突变为丝氨酸 级性氨基酸,亲水 。 实验结果 设计的人的干扰素?突变体的表达量大大提高，占到了总蛋白的10%。 蛋白质分子设计的实例之三 具有受体特异性的肿瘤坏死因子突变体的设计 肿瘤坏死因子具有明显的特性： 杀死肿瘤细胞 √ 毒副作用 × 与淋巴毒素共