NCBI数据库检索剖析.ppt

NCBI简介 NCBI就是美国国家生物技术信息中心（National Center of Biotechnology Information） NLM是美国国家医学图书馆（National Library of Medicine） NIH是美国国立卫生研究院 （National Institutes of Health） NCBI数据库 Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库 Taxonomy：微生物类别数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。 一. Nucleotide GenBank 该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库 DDBJ 和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库 EMBL）三部分数据组成。 二 . Genome 即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、临近序列图谱以及一体化基因物理图谱。 三. Structures 即结构数据库或称分子模型数据库（MMDB），包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDB（Protein Data Bank）获得。 四. Taxonomy 即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。 五. PopSet 包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。 六. OMIM 孟德尔遗传学 OMIM 数据库是人类基因和基因疾病的目录数据库。该数据库包括原文信息、图片和参考信息，同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息。 一、PubMed数据库简介 PubMed是美国国家医学图书馆 NLM 下属的国家生物技术信息中心 NCBI 开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。 PubMed的网址： /pubmed /entrez/query.fcgi PubMed 数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。 特点： 1.免费提供题录和文摘2.可与提供原文的网址链接 部分免费获取） 3. 操作简便、快捷 期刊来源地理分布 二、通过PubMed可检索到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 MEDLINE MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近4300种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有[PubMed--Indexed for MEDLINE]标志。 出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。 PubMed页面的结构 三、PubMed页面的结构 三、PubMed页面的结构 四、PubMed的基本检索功能（二） 2、作者姓名检索 在检索框内按照姓+名缩写 不用标点 的格式键入作者姓名，如Liu C，系统会自动在作者字段内进行检索。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加[au]，如“Liu C”[au] 四、PubMed的基本检索功能（三） 3、杂志名检索 在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN 国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta] 四、PubMed的基本检索功能（四） 4、截词检索 可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。 四、PubMed的基本检索功能（五） 5、短语检索 PubMed首先将键入的检索词（词组）视为合理的短语在短语索引中进行查找。如： single cell ，PubMed将其视为词组进行查找。当PubMed没有找到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索； 如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起来，即强迫PubMed进行词组检索。如“single cell”。 当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。 链接 Links 链接