蛋白质结构与功能预测8.ppt

* * * * * * * * InterPro 蛋白家族信息 AC号，家族名称 蛋白家族信息 其他数据库中的收录情况 相关的其他家族 条目类型 InterPro 蛋白家族信息（续） GO术语注释 说明 空间三维结构链接文件 数据库链接 GO三棵树的功能分类 G蛋白偶联受体 受体活性 在膜通道上 InterPro 蛋白家族信息（续） 该家族蛋白在不同种类生物体中出现情况 其他家族与该家族的重叠情况 子家族 * 五、蛋白质三维结构预测 方法 特点 工具 同源建模法 ( Homology/Comparative modelling ) 基于序列同源比对，对于序列相似度30％的序列模拟比较有效，最常用的方法 SWISS-MODEL CPHmodels 串线法/折叠识别法 (Threading/Fold recognition) “穿”入已知的各种蛋白质折叠骨架内，适于对蛋白质核心结构进行预测，计算量大 THREADER 3D-PSSM 从头预测法 ( Ab initio/De novo methods ) 基于分子动力学，寻找能量最低的构象，计算量大，只能做小分子预测 HMMSTR ROSSETA * 蛋白质结构预测精度 实验室方法 * 同源建模法分析步骤： 多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板 序列相似度30% 序列相似度30%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息 构建三维模型 三维模型准确性检验 Whatcheck 程序 Ramachandran plot计算检验 手工调整多序列比对，重新拟合，构建新的模型 * * 常用三维结构数据库 数据库 网站 备注 PDB /pdb/home/home.do 主要的蛋白质三维结构数据库 MMDB /Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI维护的蛋白质结构数据库 Psdb /~deerfiel/PSdb/ 从PDB和NRL-3D数据库中衍生出的数据库，含二级结构和三维结构信息 3DinSight http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html 整合了结构、性质（氨基酸组成、热力学参数等）、生物学功能（突变点，相互作用等）的综合数据库 FSSP http://www.ebi.ac.uk/dali//fssp/ 根据结构比对的蛋白质结构分类数据库 SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 蛋白质结构分类数据库，将已知结构蛋白进行有层次地分类 CATH /latest/index.html 另一个有名的蛋白质结构和结构域主要结构分类库 MODBASE /modbase-cgi/index.cgi 用同源比对法生成的模型结构数据库 Enzyme Structure http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/ 从PDB数据库中整理已知结构的酶蛋白数据库 HSSP http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/ 根据同源性到处的蛋白质结构数据库 * 模板搜索与比对数据库 工具 网站 备注 PSI-BLAST /BLAST/ 位置特异性叠代BLAST，可用来搜索远源家族序列 FASTA3 http://www.ebi.ac.uk/fasta33/ 位于EBI的序列比对工具 SSEARCH rs.fr/bin/ssearch-guess.cgi 采用Smith/Waterman法来进行序列比对 ClustalW http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html 多序列比对工具，位于EBI T-Coffee http://www.ebi.ac.uk/t-coffee/ 用多种方法（如ClustalW、DIalign等）来构建多序列比对 Multalin http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html 一个老牌的多序列比对工具 Dali http://www.ebi.ac.uk/dali/ 三维结构比对网络服务器 VAST /Structure/VAST/vast.shtml 基于向量并列分析算法的三维结构比对工具 SAM-T99 /research/compbio/sam.html 用HMM法搜索蛋白质远源同源序列 * 同源建模法 工具 网站 备注 SWISS-MODEL / 完整建模程序，采用同源性鉴定来确定模板蛋白，用户也可以自定义模板进行分析 CPHmodels http://www.cbs.dtu.dk/ser