生物信息学实验教大纲2014-1.docVIP

一．实验项目名称： 实验目的：。 教学基本要求：了解和熟悉NCBIBLAST进行序列搜索，解读BLAST搜索结果，可以对蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。 实验内容提要： 实验类型：综合性 必修或选修：必修 使用的主要仪器：。 ： 实验目的：。 教学基本要求： 实验内容提要： Drosophila Sex-lethal protein ASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG Mouse Huc RBD MDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL 这些蛋白质包含一个RNA识别模体（RNA Recognition Motif，RRM）。该模体包含两个高度保守的两个功能区RNP1和RNP2（已用红色标记）。通过ebi网站的在线工具完成练习（http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/）。 1. RNP1和RNP2是否得到比对？ 选择至少三个（差别大的）空位罚分和延伸值来进行比对， 2a. 算法是否找到RNP1和 RNP2的正确比对？ b. 当空位开启罚分高时，结果发生什么变化？ c. 当空位延伸罚分高时，结果发生什么变化？ d. 为什么k个连续的空位罚分要小于k个间隔的空位罚分？ 使用PAM250矩阵重复上述过程。 3. 比对结果是否发生变化？ 继续进行这两条序列的局部比对，通过ebi网站的在线工具完成练习，网址：（http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/） 4a. RNP1和RNP2是否在局部比对中得到比对？ b. 局部比对的生物学意义是什么？ c. 为什么在这种比对中我们选择局部比对而不是全局比对？ 采用不同的打分参数和其它打分矩阵。 5. 比对结果发生了什么变化？ 实验类型：综合性 必修或选修：必修 使用的主要仪器：。 ： 实验目的：。 教学基本要求：了解和熟悉 实验内容提要： http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet 首先学习根据dotlet的在线教程，快速学习其基本使用方法和参数设置。然后进行如下的序列分析。 回答问题：点阵分析的基本原理是什么？ 1. 重复序列 通过点阵分析可以很容易的发现序列中的重复，果蝇的一个蛋白质（索引号码：P24014）中具有几个重复片段，请通过dotlet分析，找到这些序列重复的片段。 SLIT_DROME (P24014):MAAPSRTTLMPPPFRLQLRLLILPILLLLRHDAVHAEPYSGGFGSSAVSSGGLGSVGIHIPGGGVGVITEARCPRVCSCT GLNVDCSHRGLTSVPRKISADVERLELQGNNLTVIYETDFQRLTKLRMLQLTDNQIHTIERNSFQDLVSLERLDISNNVI TTVGRRVFKGAQSLRSLQLDNNQITCLDEHAFKGLVELEILTLNNNNLTSLPHNIFGGLGRLRALRLSDNPFACDCHLSW LSRFLRSATRLAPYTRCQSPSQLKGQNVADLHDQEFKCSGLTEHAPMECGAENSCPHPCRCADGIVDCREKSLTSVPVTL PDDTTDVRLEQNFITELPPKSFSSFRRLRRIDLSNNNISRIAHDALSGLKQLTTLVLYGNKIKDLPSGVFKGLGSLRLLL LNANEISCIRKDAFRDLHSLSLLSLYDNNIQSLANGTFDAMKSMKTVHLAKNPFICDCNLRWLADYLHKNPIETSGARCE SPKRMHRRRIESLREEKFKCSWGELRMKLSGECRMDSDCPAMCHCEGTTVDCTGRRLKEIPRDIPLHTTELLLNDNELGR ISSDGLFGRLPHLVKLELKRNQLTGIEPNAFEGASHIQELQLGENKIKEISNKMFLGLHQLKTLNLYDNQISCVMPGSFE HLNSLTSLNLASNPFNCNCHLAWFAECVRKKSLNGGAARCGAPSKVRDVQIKDLPHSEFKCSSENSEGCLGDGYCPPSCT CTGTVVACSRNQLKEIPRGIPAETSELYLESNEIEQIHYERIRHLRSLTRLDLSNNQITILSNYTFANLTKLSTLIISYN KLQCLQRHALSGLNNLRVVSLHGNRISM