第七章 蛋白质分子设计课件.pptVIP

用丝氨酸替换Thr241，没有丧失对调节亚基的亲和力，这暗示磷酸丝氨酸可以替换磷酸苏氨酸。 用酸性氨基酸替换Thr241可部分恢复对调节亚基的亲和力，这暗示在这个位置上存在带负电荷的基团是必需的。 2、序列及结构域的组合（中改） 中改是指在蛋白质中替换1个肽段或者1个结构域。蛋白质的立体结构可以看作由结构元件组装而成的。因此可以在不同的蛋白质之间成段地替换结构元件，期望能够转移相应的功能。 对已知蛋白质进行中改最经典的例子就是抗体设计和改造。 2、从头设计（大改） 是指从氨基酸残基出发，即从一级序列出发，设计制造自然界中不存在的全新蛋白质，使之具有特定的空间结构和预期的功能。 以人们对蛋白质结构的了解、对蛋白质结构与功能的认识为基础的；是根据所希望的结构和功能来设计序列 程序 序列生成 设计目标 构建模型 结构预测 基因克隆 合成多肽 全新的蛋白质或多肽 结构功能检测 从头设计的步骤： 1、产生一个能形成特定折叠结构的骨架。 2、找到一个对应的氨基酸序列。 3、对序列和骨架进行优化，使其具有期望的结构和功能。 α螺旋设计一般遵循以下指导原则： （1）选择形成α螺旋倾向性比较大的氨基酸残基，如Leu、Glu、Ala、Met等。 （2）α螺旋每圈平均有3.6个氨基酸残基，为使结构中形成一个亲水面和一个疏水面，疏水性氨基酸残基应按3或4的间隔排列。 （3）α螺旋所有氢键指向同一方向，形成一个由N端指向C端的偶极矩，因此设计时，常使带正电荷的氨基酸残基靠近C端，带负电荷的氨基酸残基靠近N端。 （4）由于α螺旋两端各有3个残基的氢键能力未能得到全部满足，常需要在其两端各加一个N帽和C帽。 β折叠片的设计原则： 选择形成β折叠片倾向性较大的氨基酸残基，如Val、Ile、Tyr。使亲水性残基和疏水性残基相间排列。 β转角设计： 要考虑转角类型，某些氨基酸残基对蛋白质的二级结构有终止作用。如Pro和Gly是α螺旋的中断者，Glu是β折叠的中断者，设计时可利用这些氨基酸残基来终止分割不同的二级结构。 第五章 蛋白质分子设计 蛋白质的分子设计目的： 获得具有特定功能的蛋白质。 一、分子设计的目的 蛋白质的 分子设计 蛋白质的 理性设计 从头设计 对已有蛋白质的分子改造提供确切的方案。 设计自然界中尚未发现的、具有全新结构和功能的蛋白质。 二、蛋白质分子设计的理论基础 理论基础是蛋白质的结构与功能关系，着眼点是改造蛋白质的功能，着手点是改变蛋白质结构，大多数情况是蛋白质一级结构的改变，即改变蛋白质的氨基酸序列。 三、结构设计和功能设计 根据设计层次的不同，蛋白质分子设计分为结构设计和功能设计。 结构设计：设计具有特定结构的蛋白质。主要基于对蛋白质折叠和稳定机理的认识。 功能设计：设计具有某种特定功能的蛋白质。要考虑结构与功能之间的关系。 四、蛋白质分子设计的方法与过程 1、蛋白质的理性设计 点突变（小改）：对已知结构的pro进行几个残基的替换来改善pro的结构和功能。 序列及结构域的组合（中改）：对天然pro分子进行大规模地肽链或结构域替换以及对不同pro的结构域进行拼接组装。 （1）点突变（小改） 三类突变： 插入一个或多个氨基酸残基， 删除一个或多个氨基酸残基， 替换或取代一个或多个氨基酸残基。 关键问题：选择什么位点，进行什么样的氨基酸替换。 例：酵母cAMP-依赖的蛋白激酶的催化亚基上的磷酸Thr残基，对催化亚基和调节亚基间的相互作用中发挥的作用。 Thr241被丙氨酸替换，则催化亚基对调节亚基的亲和力大幅下降，而不影响催化活性，这暗示磷酸苏氨酸参与调节亚基的识别。 用带正电荷或中性氨基酸残基替换Thr241都导致对调节亚基亲和力的下降，而不影响催化活性，这表明突变体蛋白质的整体构象是完整的。