[参考】新功能人造生物器件的构建与集成.Doc

一、关键科学问题及研究内容 合成生物学的基点是：基于工程化策略，采用标准化生物元件，构建通用型生物学模块，在有目的设计思想指导下，组装具有特定新功能的人工生命系统。相比其它工程领域（如电子工程）的研究对象，生命体系是高度动态、灵活调控、非线性、且不可预测的。如此复杂的体系如何以工程化的设计，获得特定的人工生物器件或生命系统，是合成生物学研究面临的核心科学问题。围绕着这一重大科学问题，本项目拟在生物元件、模块、途径、网络等层次上解决设计、合成、组装、调试等问题，即（1）生物功能器件（元件和模块）的设计原理；（2）生物功能器件的人工合成与标准化；（3）生物功能器件的适配机制。 1、拟解决的关键科学问题 提高的能力，是实现合成途径组装的前提根据目标化的结构特征，确定相应的生化反应类型，自然代谢的多样性，从基因组数据库中寻找设计生物合成，元件与功能模块的分子基础，有利于理解自然元件进化的本质，指导元件与模块人工进化 2）生物功能器件的人工合成与标准化 生物功能元件是合成生物学研究的基石。编码酶蛋白的结构基因是的基本结构元件，其序列决定了所编码蛋白的一级结构和催化效率。DNA结构元件在宿主细胞中的表达程度和活性受到调控元件的控制，它们共同组成了可催化一步特定生化反应的功能模块。目前，用于的元件库容有限，高通量、、高保真的DNA合成技术尚未建立，还不能。发掘自然代谢的多样性，分析基因与蛋白等生物元件的结构、功能、调控以及分子进化特征，建立代谢功能和调控功能明确的元件库和模块库，基于合成代谢途径技术体系，实现人造生物功能的组装合成。 合成生物学的目标是组装一系列具有特定代谢功能的分子模块，并赋予其整体功能。然而，人们对活细胞工作原理的了解还远远没有达到对电子机械设备工作原理所了解的程度，直接对自然界的进行组装常常不能按预期模式互相耦合，导致人工生物合成。元件与元件之间、元件与模块之间、功能模块之间、以及功能模块和细胞之间的适配程度，决定了生物合成的整体效率。对之间的进行高通量的测试从基因、蛋白、网络、细胞的层面上理解细胞，可以指导人工生物系统的组装优化在基因组规模上分析人工细胞生物合成能力对遗传和环境扰动的响应，将有利于揭示人工细胞功能进化的遗传机理，深入理解化学品生物合成的调控机制，合成人工细胞的能动性和精确度2、主要研究内容 针对科学问题1）分析基因组信息和反应数据信息，的相容性，针对科学问题（）发掘高效精确地合成DNA元件发展密码子优化技术，提高异源结构元件在细胞中的表达强度结合蛋白理性设计和定向进化技术，提高结构元件催化相关生化反应的活性。构建大肠杆菌的启动子、核糖体结合位点、合成蛋白骨架等生物合成途径。发展的提高功能模块的组装效率。针对科学问题（）模块采用定量的启动子、核糖体结合位点和元件合成蛋白骨架技术，对功能模块进行精确调控，使人工细胞合成的代谢通量达到最大化。实现高效生物合成途径的创建。发展大肠杆菌的新型高效遗传操作技术提高人工细胞合成目标产品的生产能力。采用转录组、蛋白质组、代谢物组、代谢量组等组学分析技术，鉴定出人工细胞生产能力提高的遗传机制，优化合成能力 二、预期目标 1. 总体目标 建立DNA高效合成拼接元件表征、模块设计、系统组装调试等工程平台，建立代谢和调控功能明确的元件库和模块库在皂的生物合成方面形成优势和特色培养和造就一批青年学科带头人和学术骨干促进我国合成生物学快速成长和长远发展。 2．五年目标 建立DNA合成拼接模块完成30-40个化学品合成相关的基因元件的发掘、合成和功能表征构建3-4种鉴定的调控元件库设置的标准接口，建立生物元件及功能模块的标准化组装技术构建标准化、高通用性的新载体系统，规模化整理和文档化生物元件。10-15个合成相关的功能模块创建的生物合成，实现其在异源实现相关功能模块的精确调控。发表SCI论文100篇, 10的文章3-5篇。申请发明专利25-30项。 培养80-100名博士研究生，30名左右技术骨干，20名左右学术骨干；组织3-5次国际合成生物学学术会议，形成一支在国际合成生物学领域得到同行认可、有重要影响力的研究团队。 三、研究方案 1、总体研究思路项目研究的技术路线及可行性针对合成生物学“模块化、工程化”构建人工生物系统的目标，本项目拟采取自下的设计方式，即从分析基因组、代谢网络构建模拟出发，计算和设计目标化合物合成的最优途径，进而进行合成途径上相关功能模块的解析、解耦、抽提，指导相关结构元件和调控元件的组装。另一方面，人工细胞的合成采取自下而上的构建方式，即发掘、改造、或人工合成各种生物元件，将不同的结构元件和调控元件组装成具有特定功能的模块，集成相关功能模块、组建目标化合物的合成途径。在生物器件、途径、网络等各个层次上采取设计-合成-调试- 图 本项目的学术思