用于新基因的生物信息学分析 核酸序列的基本分析 运用DNAMAN软件.docVIP

用于新基因的生物信息学分析核酸序列的基本分析运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本）软件对基因做酶切谱分析。 碱基同源性分析运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析 Translated??query??tien database blastx 网站如下：/BLAST/参数选择：Translated??query-protein database [blastx]； nr;stander1 开放性阅读框（ORF）分析利用NCBI的ORF Finder程序对基因做开放性阅读框分析，网址如下：/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对基因的ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSM E