第八章序列注释及提交浅析.pptVIP

Chapter 8 Metabolism Pathway ， Gene Annotation and Submission第八章 代谢途径、基因注释及提交 Unit 1 Metabolism Pathway代谢途径分析 KEGG(京都基因与基因组百科全书)是基因组破译方面的数据库。 KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具，可以免费获取。 KEGG的网址是：http://www.genome.ad.jp/kegg/ 5. 特殊功能序列鉴定： 结构特征、特殊序列等，利用计算机软件及相应网站等进行鉴定 6. 同源性基因检索： Blast 7. 直系同源蛋白聚类(COG)分析： 全基因组对全基因组比较 Unit 3 Submission序列提交 测序工作者可以把自己工作中获得的新序列提交给NCBI，添加到Genbank数据库。 这个任务可以由基于Web界面的BankIt或独立程序Sequin来完成。 BankIt是一系列表单，包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。 BankIt适合于独立测序工作者提交少量序列，而不适合大量序列的提交，也不适合提交很长的序列。 EST序列和GSS序列也不应用BankIt提交。 大量的序列提交可以由Sequin程序完成。