量子化学的主要计算方法及软件资料.ppt

Molden缺点在于三维MO图像不易于观测，因此主要适合于 平面分子体系。 B. Gopenmol的使用： 该软件十分适合于产生三维MO轨道图像，虽然使用流程较为 复杂，但该软件是免费软件，可从网络搜索上获得。该程序安 装过程简单，只需将下载的压缩包解压后，运行install即可。 %mem=64mb #p b3lyp/6-31g* cube(50,orbitals) C2H4 0,1 C C,1,1.34 H,1,1.0,2,120.0 H,1,1.0,2,120.0,3,180.0 H,2,1.0,1,120.0,3,0.0 H,2,1.0,1,120.0,3,180.0 c2h4.cub 8 9 使用该程序时，Gaussian输入文件需使用cube关键词，例如： 该数值用于指定计算的网格点 数，相当于MO图像的分辨率 用于存放cube计算结果的文件,该文件 位于Scratch目录下 所要考察的MO编号 使用过程： 运行位于bin目录下的rungopenmol.bat 对G03产生的cub文件进行处理，产生作图所需数据： 1 2 3 4 5 运行后产生： c2h48.plt c2h49.plt c2h4.crd 存放分子构型 步骤： 读入分子构型： 产生MO轨道拓扑图： 1 2 3 4 步骤： 5 保存： C. Gaussview的使用： Gview是专门为Gaussian程序设计的，其主要功能包括G03 输入文件的生成、MO图像以及振动光谱的图形化等等，它 可以读取G03输入文件、chk文件(包括文本和非文本)、cub 文件 、输出文件等。 由G03输入文件读取分子构型： 利用该方法，可以检查输入构型是否有误。 %mem=64mb %chk=c2h6 #p b3lyp/6-31g irc=calcfc nosymm Opt of C2H6 0,1 C C 1 r1 H 1 r2 2 a1 H 1 r2 2 a1 3 120.0 H 1 r2 2 a1 3 240.0 H 2 r2 1 a1 4 d1 H 2 r2 1 a1 3 d1 H 2 r2 1 a1 5 d1 r1=1.5481 r2=1.0956 a1=111.7037 d1=0.0 因未知道力常数, 故需 重新计算力常数, 如果 在FREQ计算中, 保留 了相应的check文件, 则可用: irc=rcfc来读取力常数. 以重迭式乙烷为例, 我们已经知道该构型对应于TS(因其只有 一个虚频), 则IRC计算如下: 计算结果: 在默认情况下, 将搜索MEP位于TS左右两测各6个点的构型, 各点之间的间隔(搜索步长)为0.1a.u.(相当于反应坐标的间隔), 因此实际上, 在默认情况下, 要优化12个构型, 这些优化过的构型处在MEP上. 若用户需修改构型数和步长, 可用maxpoints和stepsize选项: maxpoints=N 求解MEP上2*N各构型 stepsize=N 搜索步长为N*0.1 对于上例, 计算结果为: 反应坐标 对应于 TS 处在MEP上各构型的参数 D. 电子光谱(UV)的计算 G03提供了三种电子光谱的计算方法, 包括CIS(single-excitation CI), TD(time-dependent)和ZINDO方法, 其中ZINDO为半经验方 法, 下面主要介绍CIS方法的使用. (1) CIS方法的使用: 以H2为例: %mem=64mb #p cis/6-31++g** The CIS calc. of H2 0,1 H H 1 0.76 CIS计算结果分析: CIS计算需调用L8和L9模块, 其中UV计算结果由L914模块给出: 默认情况 下求解三 个激发态 主要信息: 该激发态对应的电子态为1?u 电子跃迁所需能量 对应的UV波长 跃迁强度 该激发态的主要来源, 反映 了各分子轨道的贡献, 对H2 该激发态主要来自 HOMO-LUMO的跃迁 说明: 通常情况下, 我们感兴趣的是振子强度不为零的激发态, 此外, 重点考察的是具有最大波长的激发态, 它对应于UV光 谱中的?max. CIS计算中其它常用的选项: root=N, 选取第N个激发态以作进一步的计算, 包括对该激发态 的构型进行优化和进行布居分析等; nstate=N, 在计算中考察前N个激发态, 在默认情况下N为3, 在某