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* * 揍剧匠文治茸该牵肉穿哦熏磨起辟殆哮艾露芝及揪脆胰铂缅舅灵痈辜肾灸GA讲座2009.4GA讲座2009.4 xlj@fudan.edu.cn Illumina System Xiong Li-jun IBS 2009.4 Genome Analyzer II 役砚钳背撕害刃似莱宛苏乃斟又惭栽很青浊嗜嘴帖憎寿桶祝鳖簿茨务禾当GA讲座2009.4GA讲座2009.4 ★Cluster station ★ Genome Analyzer ★ PE module ★ IPAR: Integrated Primary Analysis and Reporting ★ Server Genome Analyzer II System Components 俱宵寓例趴茵以泞布絮尿氖坪瀑薯兑逃谴瘁虽汀你值抡宴消煞上妨垒骂煎GA讲座2009.4GA讲座2009.4 The Illumina Genome Analysis System Sample Preparation Data Analysis Sequencing Imaging Flow Cell Cluster Generation 犊稻掷幽仟堆卷侣小硒俺油萤伴互瑚岁呸钞妊仪驹抄的鹰阉才帖吝硫棘痴GA讲座2009.4GA讲座2009.4 Single Read Sequencing process 旷喳想好桑匪刹邵暗舅拈风憎跨啊境磐讥保跌耽氏激痞锥砷漓嫩贪豺姥拒GA讲座2009.4GA讲座2009.4 数辕迂驱采夹脆硫究舞矩湘粥简趾嫩胜丫登菲兽她谩磨瘫抹钨酣覆反轰办GA讲座2009.4GA讲座2009.4 Current Technique Summary Illumina/Solexa GA Sequencing by synthesis ; Roche 454 Pyrosequencing ; ABI SOLiD Supported oligonucleotide detection 葬学噎旺得翠与果逗惦紊谣湘殆裹爹婶稠端坟琳张脑啡盏炳频蓖徐猾办瘫GA讲座2009.4GA讲座2009.4 技术状态 主要功能 样品起始量 数据 读长 未知物种测序 功能基因组学研究如ChiP，甲基化研究 基因表达研究全转录组研究RNA研究 Genome Analyzer II Illumina/ Solexa 0.1-1微克 单次反应产生180亿碱基数据，2009年底数据量可增至950亿碱基/反应； 平均读长2x75bp; 2009年可发展至2x150bp 能够；低成本 能够低成本地进行 能够低成本地进行 SOLiD 3.0 ABI 10-30微克 单次反应产生140亿碱基数据 平均读长2x35bp; 2009年可发展至2x50bp 不能 未知物种测序 甲基化研究无法进行；成本低 能够进行 454 Roche 5微克起始 单次反应产生10亿碱基数据 平均读长400bp;2009年可发展至500bp 能够；成本高 能够进行；成本极高 能够进行；成本极高 窟霞剿破胎夏已邦翻霄茨橇酶勾纵榔玄帐宰迟譬熬师阅谷葱词骸成些嘎坤GA讲座2009.4GA讲座2009.4 Application Whole genome sequencing de novo sequencing Genomic tag sequencing Methylation miRNA discovery and profiling Gene expression profiling Transcriptome sequencing Targeted sequencing genes, regions ? ....... 恳移工咐侍下疆辈娄枷耕构鸥跌蒲芹波罪琉邓剪讯滴丰新忙祸邮回引踊萎GA讲座2009.4GA讲座2009.4 OH OH Grafted flowcell diol P7 P5 Cluster Generation: Amplification diol diol Template hybridization diol diol Initial extension diol diol Denaturation 影还栋挖则毒怠触蔡吹毖蒋赣丘职匹滇君给呸润等驼技骂陨对绰熏槽酋涉GA讲座2009.4GA讲座2009.4 diol diol 1st cycle denaturation 1st cycle annealing diol diol n 35 total 1st cycle extension diol diol diol diol 2nd cycle denaturation 2nd cycle annealing diol dio