7基因组的解剖解析.ppt

Genome Anatomies The Anatomy of the Eukaryotic Genome Nucleus genome Mitochondria genome Chloroplasts genome Nucleus genome The human karyogram strip heterochromatin：constitutive and facultive Euchromatin Abnormal chromosome：microchromosome and B chromosome DNA loop ，structural domain and MAR isochore CpG island 遗传图距与物理图距 温和条件下提取真核生物中期染色体，除去大部分结合蛋白质后，可在电子显微镜下见到从致密的蛋白质骨架向外延伸的DNA环， 间期DNA环的两端附着在细胞核基质上，除去组蛋白后也有DNA环从细胞核向外突出，称结构域 二者附着的位置有差异 SAR：支架附着区MAR：基质附着区 Characters of SAR and MAR 具有相似性，富含A/T碱基，约70% MAR区段缺少保守序列，有可与拓扑异构酶II结合位点的 isochore 指连续分布的具有相似碱基组成的DNA区域，它们在基因组中成片镶嵌排列。 人类基因组测序联合体 塞莱拉公司 　　两个组织得出的的结果并不一致， CpG islands 富含GC碱基的DNA区段，一般长度为1－2KB。 大部分位于管家基因和大部分组织专一性表达基因的5侧翼区以及基因的第一个外显子区。 双碱基均未甲基化，而整个基因组中约60－80%被甲基化 与基因相连，可作为寻找基因的依据 哺乳动物管家基因的启动子区一般与CpG岛相连 GC含量与CpG岛数目关系 遗传图距与物理图距 重组率随染色体长度的增加而递减 ？ 大多数染色体近着丝粒区重组率受到抑制，接近端部最大 细胞器基因组 组成：环状和线状并存，有叶绿体和线粒体，一般多拷贝，大小与生物复杂性无关 遗传内容：指令细胞器中部分蛋白质的合成。 起源：内共生理论 　　　　　　　　　　　 遗传内容 叶绿体蛋白质组的进化 The Anatomy of the Prokaryotic Genome 物理结构 除环状染色体外，尚存在线状染色体 质粒染色体的存在 古细菌的包装方式比较特别 遗传组成 操纵子（动画） 对古细菌来说，功能上毫无关联的基因共享同一操纵子如何解决它们之间表达的矛盾 最小基因推测（比较基因组学） 大肠杆菌核质的结构 最小基因组推测 Transposon and Interspersed repeat sequence 转座因子原核与真核生物基因组中广泛存在的可移动自身位置的遗传因子 DNA Transposon 逆转座因子与分散重复顺序家族 真核生物分散重复顺序的比较 DNA Transposon retrotransposon 逆转座因子 玉米基因组中的转座子 人类基因组中主要的转座因子组成与数目 Tandemly repeated DNA 　　　串接重复顺序是通过某一祖先顺序在DNA复制时因测序或重组时的不等交换扩增，因此大都是首尾相连簇集在特定位置。 卫星DNA 小卫星DNA 微卫星序列 microsatellites DNA Coding sequence in the genome The total genes in human genome 不同的推测手段结果不一样， 一般的确认为30000个左右 protein coding genes 人类蛋白质基因的编码顺序仅占总DNA的1.1%－1.5%，远低于果蝇和线虫的基因密度。 人类基因的mRNA具有更多的可变剪切方式，单个基因产生的蛋白质数目约为果蝇或线虫的5倍。 编码顺序为1340BP，外显子一致性高，内含子差别大，人类一般为3300BP，可变剪切占人类基因的22% 同源性比较表明，60%可在其它物种中发现相似的成员 蛋白质的复杂性表现了两方面： 组成蛋白质多肽的结构域的种类 不同结构域排列组合的方式 蛋白质的创新主要表现为蛋白质家族的扩张，依赖于功能域的重排。 protein coding genes innovation of proteins 拟南芥蛋白质组的功能分类 不同生物基因家族成员与单身基因组比较 * 30－100KB的独立超螺旋环 Bohelia burgdorer,一条线性染色体，长910KB，至少17个线性和环状的质料 30－100KB的独立超螺旋环 Bohelia burgdorer,一条线性染色体，长910KB，至少17个线性和环状的质料 插入顺序 复合转座子 Tn