生物信息学第三章替换模式教案分析.ppt

假设两物种的替换数目为沿着系统发生树各分支的替换数目的总和，如下式所示： d13 = dA1 + dA3 d23 = dA2 + dA3 d12 = dA1 + dA2 经过简单代数变换，可得到物种1和物种2独立分化后的差异 dA1 = ( d12 + d13 - d23 ) / 2 dA2 = ( d12 + d23 – d13 ) / 2 根据定义，物种1和物种2的分化起始时间是相同的，所以分子时钟假设预测dA1和dA2 的值也应该是相等的 任意基因的进化速率在家系进化的整个过程中保持稳定是分子时钟假说的前提条件。研究发现，分子时钟随种群的不同而变化。 现在发现鼠和兔的替换率大体上是相同的；但是人和猿的分子进化率只有古欧洲猴子的一半 事实上，人和鼠同源基因相对进化率的检测表明：啮齿动物基因替换率是灵长目的两倍 由于分子时钟的这种不稳定现象，用分子分化的时间来推测共同祖先最后出现的时间就可能出现问题。因此，在做这种推测之前，必须保证所研究的物种应该有相同的时钟，就像啮齿动物一样 3.4.2 家系中变异率的变化 有几种可能的说法对相对进化率检测中发现的进化率的差异进行了解释，比如 猴子的繁殖时间比人类短，啮齿类就更短了 生殖细胞DNA复制的数量与替换率的关系比与分化时间的关系更为密切 产生差异的部分原因也可能是自分化以来两家系间的其他差异，如平均修复效率、新陈代谢率和适应新生态环