5蛋白质三级结构预测解决方案.pptVIP

用Swiss-model分析如下序列，进行三级结构建模，取3个结果，并分析所得模型 MSSGQCRSANAEDAQEFISDVERAIETLIIKNFHQSYSSVESNLAIGGKESTLTPSELRDLVTQQLLLKSSKPHLMPSNCGLEEKIASNLGSCKKNDSKLEEFRSFWAELLIGEAAKKSSVKLERPVRGH; * * 能量函数 蛋白质的势能 基本步骤 选择蛋白质能量函数模型 选择三维结构的表示方法 选择三维结构的评价函数 选择寻找最优结构的优化方法 ?关键问题 大规模非线性规划 大量的局部极小点 在计算时间和准确度之间寻找平衡 基于能量最小化的从头预测法 非线性规划 最速下降法 牛顿法 共轭梯度法 全局优化方法 遗传算法 分解-结合法 离散化方法 最优化方法 分子动力学 方法 对蛋白质中原子间的作用力进行建模 用动力学方程跟踪蛋白质折叠时每个原子的位置 求解这些方程的解析解是极其困难的 用离散动力系统的方法来确定数值解 问题 模拟蛋白质折叠过程是非常消耗时间的 模拟 10-9 秒的蛋白质折叠过程大约需要一天时间 蛋白质的实际折叠时间大约在 10-4 秒的数量级或者更多