课内生物信息学习题集66034.docVIP

生物信息学课堂操作练习 一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具http://www.ebi.ac.uk/2can/Education 二、 生物数据库1. 熟悉各种数据库。2. 重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。 三、 关键词或词组为基础的数据库检索1. 熟练掌握Entrez检索体系。2. 查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2) exon和intron的位置？(3) 是否有3－D structure数据？1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸? 4623b.p., 1025A.a.; 2) exon和intron的位置? Exon: 24~2700,3543~3943 intron: remaining; 3) 是否有3－D structure数据? 没有. 3. 查找C. elegans基因组的资料。(1) chromosome I的测序是否已完成？(2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？1) chromosome I的测序是否已完成? 完成. 2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724Mb.p..p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35.4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。/mapview/maps.cgi?ORG=humMAPS=ideogr,est,locLINKS=ONVERBOSE=ONCHR=1 5. 查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同 (/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=3701, /mapview/maps.cgi?taxid=3702chr=1) 貌似没什么区别……比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。6. 与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？ 5774, (pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 与rice retrotransposon有关的文献有多少篇？ 214, (pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 7 检索我校在2009年1月发表的被PubMed收录的科研论文 Huazhong Agricultural University,29 7. 熟悉SRS检索体系。8. 熟悉DBGET检索体系。 四、 核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索1. 了解BLAST Frequently Asked Questions的答案。2. 以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列(1) 用Blastn能检索到多少条与Mlo同源的序列？(2) 在使用Blastn 检索中，如改变E value的阈值，能检索到多少与Mlo同源的序列？(3) 怎样去掉alignment过程中出现的小写字母？Algorithm parameters中的Filters and Masking选项里的Low complexity regions前的勾去掉就可以去掉比对过程中出现的小写的n。 (4) 用PSI－BLAST检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用Blastp检索到的同源序列是否有差别？CAB06083.1；然后用blastp检索。选中PSI-BLAST。第一次检索得到100个同源序列，再以这些序列为基础，再次检索，得到标有new的序列。第三次检索，已经没有含有new的序列，检索结束。 (5) 熟悉PHI－BLAST 检索方法。(6) 用Mlo基因序列检索蛋白质数据库能找到多少同源序列？Z83834，找到100个同源序列3. 从以Mlo基因的氨基酸序列检索到的同源序列中任取两条序列，用BLAST 2 sequences作分析，看它们之间是否存在同源序列。五、 多序列对位排列分析和系谱分析 1.用大麦Mlo基因（Z83834）编码的蛋白质序列在数据库中检索同源序列，找出与 Mlo同源程度最高的另外9条序列。对位排列这10条序列，确定这些同源序列的保守区段；分析这些保守区段是否组成已知结构域（domain）或模体（motif）。 2.练习使用各种修饰功能修饰对位排列上述10条序列。3.根据系谱分析，上述10条序列中哪两条序列的同源程度最高？ 4.用大麦Mlo基因（Z83834）序列检索数据库，找出与Mlo同源程度最高的另外4条序