生物信息复习资料.docVIP

1. Bioinformatics：生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释在内的所有方面。他综合的应用数学、计算机科学和生物学的各种工具 ，来阐明和理解大量数据中包含的生物学意义。 2. primer 5：加拿大 Premier公司开发的专业用于PCR、测序引物和杂交探针的设计和评估软件。特点:强大的自动搜索能力；友好的操作界面。功能：引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA motif 查找、同源性分析功能 3. HGP：人类基因组计划：规模模宏大的科学计划，其旨在测定组成人类染色体（指单倍体）中所包含的30亿个核苷酸序列的碱基组成，从而绘制下人类基因组图谱，并且辨识并呈现其上的所有基因及其序列，进而破译人类遗传信息。人类基因组计划是人类为了解自身的奥秘所迈出的重要一步，是继曼哈顿计划和阿波罗登月计划之后，人类科学史上的又一个伟大工程。 4. MEGA 6：该软件是由Kumar等编写的进行分子进化遗传分析的免费软件包，能对DNA、mRNA、氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析。在建树方法上，提供了目前最常用的UPGMA，ML，NJ及MP法，对所获得树也可进自举值检验及标准误估计可靠性检验。优点为：简单易用 ClustalW：渐进方法序列比对软件。用成对对位获得相似矩阵，从矩阵得到导引树，根据导引树进行渐进排列。 ClustalX （序列比对软件） ModeltestMrModeltest 碱基替换模型筛选软件 Figtree 树形显示软件）TreeView （树形显示软件） 6. PyMOL：分子三维结构查看及分析软件 7. Database Management System, DBMS：数据库管理系统。对数据库进行管理的系统软件，提供DB的建立、查询、更新以及各种数据控制功能。 8. Phylogenetic tree：系统发育进化树。用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。结点（node ：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。进化分枝 Clade ： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接。分子系统发育的核心为构建系统发育进化树。 9. Orthology gene 10. BLAST：美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。是“局部相似性基本查询工具”的缩写。 11.常用的分子三维结构查看及分析软件： PyMOL CATH是一个按等级分类PDB中蛋白质结构的数据库。只有分辨率在4埃以内的晶体结构以及NMR结构才被分类。蛋白质结构分类结合了自动与手动两个过程。 KEGG途径数据库是存储的是人工绘制的途径图谱，包括了目前已知的所有分子相互作用网络和生物反应网络：总途径图，代谢途径图，遗传信息加工图，环境信息加工图，细胞过程图，机体系统图，人类疾病相关途径图，药物开发图。 12.旁系同源序列：由于基因重复事件产生的相似序列。 paraology 基因重复，染色体某个位置出现一个基因的两个拷贝。随后这两个基因拷贝分别进化。可以反映基因进化的历史如：γ一珠蛋白基因和β一珠蛋白基因 13.直系同源序列：具有共同祖先和相同功能的同源基因称为直系同源。直系同源基因由于物种分化事件产生，因此可以反映物种之间的进化关系。直系同源基因是从共同祖先垂直继承，不同物种起的功能相同。反映物种进化的历史。如：人α一珠蛋白基因与小鼠α一珠蛋白基因 14.异同源序列：由于物种间遗传物质的平行转移，但不包括细胞器和核基因之间（xenology 的转移。如细菌的转化、结合和转导都是屋中间遗传物质的平行转移。 15. 简述GBFF的格式包含的内容 文本文件。GBFF是GenBank数据库的基本信息单位 最为广泛使用的生物信息学序列格式之一 三大数据库交换数据是采用的格式 第一部分：描述符：包含了关于整个记录的信息 第二部分：特征表：包含了注释这一记录的特性 第三部分：核酸序列本身：在最后一行以“// ”结尾。 简述序列相似性和同源性的关系 序列的相似性：将查询序列与数据库里的序列逐一进行两两比对分析，得出相似性高的序列。 同源性是指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。 序列相似性比较：就是将