大丽轮枝菌分泌组预测及分析.docVIP

大丽轮枝菌（Verticillium dahliae VdLs.17）分泌组预测及分析 摘要：【目的】预测并分析大丽轮枝菌基因组范围内的分泌蛋白，为大丽轮枝菌分泌蛋白致病机理的研究奠定基础。【方法】利用已公布的大丽轮枝菌全基因组序列，组合使用生物信息学软件 SignalP、TargetP、TMHMM、Big-pi 和 PROSITE，预测大丽轮枝菌基因组范围内所有分泌蛋白，定义为分泌组。统计分析分泌组中蛋白 N-端信号肽特点；应用碳水化合物活性酶类数据库和病原菌-寄主互作蛋白数据库对分泌组蛋白进行注释，预测分泌组中潜在果胶酶、纤维素酶和病原菌寄主互作蛋白；利用真菌激发子的保守结构域，预测分泌组中潜在的激发子蛋白集；应用 BLASTP 程序比较分析大丽轮枝菌和黑白轮枝菌分泌组，获得大丽轮枝菌相对于黑白轮枝菌特异的分泌蛋白。【结果】大丽轮枝菌分泌组共有 922 个蛋白。信号肽分析表明，以 19 个氨基酸为信号肽的蛋白数目最多，非极性氨基酸丙氨酸的出现频率最高，而有带电侧链的氨基酸天冬氨酸和谷氨酸的出现频率最低，信号肽的-3 和-1位置上的氨基酸相对保守。大丽轮枝菌分泌组含有 158 个潜在的碳水化合物活性酶类，其中，包括 10 个果胶水解酶和 14 个果胶裂解酶；190 个潜在的病原菌-寄主互作蛋白、97 个含有 RxLx[EDQ]模体的蛋白和 52 个富含半胱氨酸的小分子量分泌蛋白；58 个相对于黑白轮枝菌分泌组特异的蛋白。【结论】本文建立了预测大丽轮枝菌分泌组蛋白的方法。分泌组蛋白信号肽长度具有高度的变异性，氨基酸组成多为脂肪族氨基酸，序列在 C-端结构域较为保守。分泌组中包含大量潜在的果胶降解酶、病原菌-寄主互作蛋白、RxLx[EDQ]模体蛋白和富含半胱氨酸的小分子量蛋白等致病相关蛋白。 0 引言 【研究意义】大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）是引起棉花黄萎病的病原菌，在世界范围内造成重大经济损失[1-2]。已有研究表明大丽轮枝菌所分泌的蛋白是造成其生物毒性的主要物质[3-4]，因此，深入研究大丽轮枝菌基因组范围内所有分泌蛋白，将为揭示其致病机理，开发黄萎病防治新策略奠定基础。【前人研究进展】随着越来越多真菌基因组全测序的完成，研究人员开始应用生物信息学方法预测真菌基因组范围内的分泌蛋白并分析其特点，探究分泌蛋白在病原菌侵染过程中发挥的作用。陈继圣等[5]应用 SignalP、TargetP、TMHMM 等软件建立了预测分泌蛋白的方法，得到了稻瘟病菌分泌组的 1 235 个蛋白。Martin等[6]使用碳水化合物活性酶类数据库（carbohydrate-active enzyme，CAZy）[7]对双色蜡蘑（Laccaria bicolor）分泌组进行了比对和注释，将与 CAZy 数据库有明显比对结果的蛋白被定义为 CAZymes，通过 CAZymes的种类和数量系统全面地分析了分泌组中潜在的植物细胞壁降解酶类。Gao 等[8]使用病原菌与寄主互作蛋白数据库（pathogen-host interaction database，PHI）[9]对绿僵菌（Metarhizium anisopliae）分泌组进行比对和注释，利用病原菌之间存在共同致病机制的特点，从已知的致病相关基因入手，探究其可能的致病机理。于钦亮等[10]利用 RxLx[EDQ]模体在真菌激发子蛋白中的保守性，在禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）分泌组中预测出 157 个含有该模体的蛋白，提供了该物种潜在的激发子蛋白集。Mueller 等[11]预测了玉米黑粉病菌（Ustilago maydis）分泌组中富含半胱氨酸的小分子量分泌蛋白，推测其中可能包含了疏水性的质外体激发子（apoplastic effectors）等致病相关蛋白。Ma等[12]选取镰刀菌属（Fusarium）中 3 个寄主范围不同菌种为研究对象，比较分析了其分泌组的异同，发现各菌种特有的决定寄主范围的激发子类蛋白类群。【本研究切入点】大丽轮枝菌分泌的毒蛋白含量低、成分复杂、难以分离纯化。20 世纪 50 年代至今，科研人员从生理生化和蛋白质组学角度对其进行研究时，还只能得到一些分泌毒蛋白的复合体，尚无单一毒蛋白成功分离的报道[13-14]，研究进展较为缓慢。近年来，应用基因组序列和生物信息学手段对真菌分泌蛋白进行研究显示出了强大的优越性。但迄今为止，大丽轮枝菌分泌蛋白的研究尚无此类报道。【拟解决的关键问题】本研究拟建立预测大丽轮枝菌分泌组的方法，并初步分析分泌蛋白与致病性的关联性，寻找潜在的致病相关分泌蛋白，促进大丽轮枝菌致病机理的研究 1 材料与方法 1.1 材料 大丽轮枝菌（V. dahliae）和黑白轮枝菌（V.albo-atrum）蛋白序列来自真