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2016-11-22 发布于河南
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Apply Bioinformatics Applications on Parallel and Grid Computing Environment

Apply Bioinformatics Applications on Parallel and Grid Computing Environment 應用生物資訊軟體於平行及網格計算環境東海大學資訊工程與科學系高效能計算實驗室楊朝棟 ,郭育倫 Outline Introduction Bioinformatics tools can speed up the analysis of large-scale sequence data, especially about sequence alignment. Hardwares： PC clusters; one master node, seven slave nodes (16 processors totally) Sun Fire 6800 Sever Grid System Bioinformatics tools： mpiBLAST (MPI) FASTA (MPI) HMMs (PVM-Parallel Virtual machine) Bioinformatics Creation of database allowing storage and management of large biological deta set. Development of algorithems and statistics to determine relationships between members. Use above tools for analysis and interpretation of biological data. Grid Computing To make more effective use of computer resource. As a way to solve problems that required enormous of computer power. The resources of many computers can be toward a common objects. BioGrid Construct the BioGrid system is necessary for research to reduced the sequence alignment time. Parallel Bioinformatics I (BLAST) Basic Local Alignment Search Tool - 核酸與蛋白質序列比對工具 [blastall] : [blastpgp] : 搜尋 PSI-BLAST(Position-Specific Iterated BLAST ; 一種輸入蛋白質序列查詢蛋白質資料庫，搜尋是否屬於某個蛋白質家族的BLAST程式。 [bl2seq] : 2條核酸或蛋白質序列比對 [formatdb] : 將序列資料轉換成FASTA格式,再輸入BLAST的資料庫 mpiBLAST is based on MPI. Parallel Bioinformatics II (FASTA) FASTA is a searching sequence programs that are similar to the BLAST modes, exception of PSI-BLAST, therefore provide very fast searchs of sequence database.(DNA and protein) [fasta] 使用FASTA演算法來對DNA序列與DNA資料庫比對或protein序列跟 protein資料庫比對 [ssearch] 使用Smith-Waterman演算法再次進行上述的比對程序 [fastx/fasty] 將DNA序列與protein資料庫作比對，並在DNA序列上執行轉譯 [tfastx/tfasty] 將protein序列與DNA資料庫作比對，並在protein序列上執行轉譯 [align] 在兩組DNA或protein序列中，計算排列組合 [lalign] 在兩組DNA或protein序列中，計算局部的排列組合 Parallel Bioinformatics III (HMMs) HMMs (Hidden Markov Models) can be used to do database searching using statistical descriptions of a sequence families. [hmmpfam] 要求在HMM資料庫上進