基于trnH—PsbA序列的部分苔藓植物亲缘关系分析.docVIP

基于trnH—PsbA序列的部分苔藓植物亲缘关系分析 　　摘要：以毛地钱（Dumortiera hirsuta）为外类群，利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对13种苔藓植物的trnH-PsbA基因序列进行比对和分析，构建分子系统树。结果表明，13种苔藓植物的trnH-PsbA序列长度为174～186 bp，排序后总长度为191 bp，其中变异位点51个，信息位点30个。遗传距离在0.006～0.200，平均遗传距离为0.103。利用非加权组平均数UPGMA（Unweight pair group method with arithmetic mean）法建立的系统树显示，13种苔藓植物分为3组。在科间水平上，序列分析结果与形态学结果一致，trnH-PsbA序列对于苔藓植物的系统发育研究有一定的参考价值。 　　关键词：苔藓；DNA条形码；trnH-PsbA；亲缘关系；系统发育分析 　　中图分类号：Q78 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2013）20-5057-03 　　The Phylogenetic Relationship of Some Bryophytes Based on trnH-PsbA Gene 　　LIU Ying1，ZHANG An-shi1，ZHAO Li-xin2 　　（1. Department of Biology， Jiaozuo Teachers College， Jiaozuo 454003， Henan， China； 　　2. Jiaozuo National Foresty Plant of Henan Province， Jiaozuo 454191，Henan， China） 　　Abstract： Using Dumortiera hirsuta as the outgroup， trnH-PsbA genes belonging to 13 bryophyte species were analyzed and aligned to construct the phylogenetic trees using ClustalX 2.0 and MEGA 4.1 softwares. The results showed that the length of trnH-PsbA gene in 13 bryophytes were between 174 bp and 186 bp. The total length of sequence was 191 bp after alignment， including 51 variable sites and 30 informative sites. The genetic distance were between 0.006 and 0.200， with the average of 0.103. 13 species in the UPGMA tree（Unweight pair group method with arithmetic mean tree） were clustered into three groups. The constructed phylogenetic trees based on sequences were consistent with the results based on morphology among families. It is proved that trnH-PsbA sequence is useful for studying phylogenetics of bryophytes. 　　Key words： bryophyte； DNA barcoding； trnH-PsbA； phylogenetic relationship； phylogenetic development analysis 　　2003年，加拿大学者Hebert等[1]利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（Cytochrome C oxidase subunit Ⅰ，COI） 中的一段650 bp序列，发现该基因序列在动物界不同分类水平上都具有良好的识别能力，从而提出了DNA条形码（DNA barcoding）的概念，建立了一种新的物种鉴定技术[2]，为解决传统分类学面临的难题提供了新方法。由于线粒体COI基因在植物中的进化速率远慢于动物，因此，很多学者认为植物的条形码应从进化速率较快的叶绿体基因组中选择[3，4]。 　　trnH-PsbA序列是进化速率最快的叶绿体间隔区之一，两端存在75 bp的保守序列，便于引物的设计。作为植物DNA条形码