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谱系分析在生态学中的应用－原理、实例和实现金冬梅2012-12-14 jindongmei@dullduck_jin@126.com提纲什么是谱系？谱系与生态学有什么关系？生态学中常用的谱系分析谱系分析怎么做？谱系 phylogeny谱系是物种（或类群）间的进化关系，通常根据分子序列和表型的相似性或差异程度进行推断。研究谱系的学科是谱系学/系统学（phylogenetics） 其研究成果就是谱系。生态学可以利用现有的系统学研究成果构建谱系树。Charles Darwin, 1859A phylogenetic tree of life, showing the relationship between species, whose genomes have been mapped by humans. The APG III (2009) tree showing relationships of the orders of the angiosperms读懂谱系树 根结点(root)：该谱系树所包含的所有物种（或类群）的共同祖先末端节点(tip, terminals, leaf )：现存物种中间结点(node)： 表示分化事件，或其后代的最近共同祖先枝(branch)： 连接相邻两个结（节）点的线分枝(clade)：谱系树的一部分，包括由一个共同祖先衍生的所有后代谱系树的表示 branchtiprootnode不带枝长：(((C, D), B), A) root;带枝长：(((C: 2, D: 2): 1, B: 3): 1, A: 4) root[notes];evolutionary time谱系在生态学中的位置群落谱系结构性状保守性 群落构建由性状保守性与主导生态过程的不同组合预测的群落物种组成在区域物种库中的谱系分布主导的生态过程: 性状保守性状趋同生境过滤 (表型相似聚集)聚集分布均匀分布竞争排斥 (表型相似相斥) 均匀分布随机分布 Webb et al. (2002) Annual Review of Ecology and SystematicsEmerson and Gillespie (2008)Trends in Ecology Evolution生态学中常用的谱系分析谱系多样性 (Phylogenetic diversity)群落谱系结构 (Community structure)性状保守性与性状间的相关性 (Trait analysis) 谱系多样性PD (Faith 1992)群落谱系结构Mean pairwise distance (MPD)Mean nearest taxon distance (MNTD)Net Relatedness Index (NRI)Nearest Taxon Index (NTI)Rao’s quadratic entropy (Rao)性状保守性与相关性分析谱系信号（phylogenetic signal）谱系独立的性状相关性（phylogenetic independent contrast）生态学谱系分析怎么做？A：网页版Phylomatic 创建谱系树 ＋ 优化谱系树B： Phylocom 本地运算 或 R语言＋package‘picante’ 创建谱系树/phylomatic/ /phylomatic/?使用方法：1、选择storedtree2、method =?phylomatic 3、粘贴物种名录4、Send5、查看输出结果6、修改重来，或保存。clean 与否大不同！检查结果，优化谱系树：((((((((((((((((((((((((((((((Alnus_mandshurica,Alnus_sibirica)alnus,(Betula_ermanii, Betula_platyphylla)betula)betuloideae,((Corylus_mandshurica)corylus)coryloideae))betulaceae))), …… ericales)ericales_to_asterales)asterids)))))core_eudicots)trochodendrales_to_asterales)sabiales_to_asterales)eudicots)ceratophyllales_and_eudicots)poales_to_asterales)magnoliales_to_asterales)austrobaileyales_to_asterales)nymphaeales_to_asterales)angiosperms)seedplants)euphyllophyte[NOTE: 9 taxa not ma