计算机在材料科学与工程中的应用-分子动力学1.pptVIP

按OK，关闭对话框。在3D trajectory document上双击左键，去除对O2的选中。 点击Forcite Analysis 对话框中的可用选项Choose sets箭头，选择oxygen。点击Analyze。关闭Forcite Analysis 对话框。 5. 输出数据并计算扩散系数 本教程的最后一部分包括一种电子表格或画图软件的使用。你可以用它来检验均方位移的计算是否正确，在此基础上再来计算扩散系数。复制并粘贴图表文档到你的电子表格中。 右键点击plot，并从context menu 中选取Copy。打开新的电子表格，右键点击它并选择Paste。 在你的电子表格中有14列数。第一列是时间，它每隔一列重复出现一次。另外的列里包含所有均方位移的x-，y-和z-分量。在本次计算中你只要前面两列。 提示：在实际计算中，你要检查计算结果是否可靠。你可以画出log(MSD)对log(time)的曲线。如果你的计算收敛了，那么你将得到一条直线。不然，你就要重新计算了。 要计算氧在PDMS 中的扩散率，你要画出MSD 对时间的曲线，拟合后计算斜率。画出MSD 对时间的曲线。线性拟合成直线y=ax+b，记下斜率a。 扩散系数由下面式子给出： 其中N 是系统中扩散原子的数目。上式中的微分近似用MSD 对时间微分的比率来代替，也就是曲线的斜率a。由于MSD 的