第9章生物分子网络软件实习-12-16研究报告.ppt

* 比如我们所要研究的基因为PTEN（Phosphatase and Tensin homolog 癌症相关基因），在网页的Search提示框中输入“PTEN”，点击“GO”开始检索和PTEN相关的相互作用的网络文件。 * * 点击Interactions，页面中显示和PTEN发生相互作用的分子信息，点击右上方的输出结果，把检索结果转换成SIF格式，以PTEN.SIF文件形式输出，存放在Cytoscap的sampleData文件夹中。 * 回到Cytoscape软件界面，在文件菜单中选择打开PTEN.SIF文件。 得到的这个网络和前面的网络不同，这个互作网络是建立在现有的科研基础上的，节点间的互作关系是由酵母双杂交、免疫共沉淀等实验方法得到。 * 既然我们得到了一个网络模型，我们就可以使用这个模型对我们感兴趣的生物过程进行分析了。 * 这是一个经典的细胞运动模型 1、细胞外信号和细胞膜上受体结合并激活G蛋白 2、G蛋白使PI3K转移到膜上，同时Pten从膜上转移到细胞内，这一过程使局部范围内PIP3的浓度急剧增加 3、PIP3通过GEFS激活下游的RAC基因 4、激活的RAC基因可以控制细胞骨架的重新调整，从而使细胞定向运动 PI3K、PTEN和Rac三个基因在这一过程中起到了重要作用 * 首先，利用文献检索插件，输入PI3K、PTEN和Rac为关键词，检索内容为“Migrati