生物信息学第四章..docVIP

第四章 应用GCG进行序列分析 Barbara A. Butler Genetics Computer Group. Inc Oxford Molecular Group Madison. Wisconsin 一、引言 快速、经济的核酸序列测序方法的出现使包括分子生物学、遗传学以及生物化学在内的许多科学领域发生了革命。（Gilbert, 1981; Sanger, 1981)。这项技术的发展同时也使人们需要构建公用数据库来存储在全世界范围的实验室内得到的序列信息（Benson et al., 1997; Stoesser et al., 1997）。由于提交到数据库中的序列需要进行分析和解释，同时已经存在的数据库中的条目需要进行辨识和修补以供研究人员进一步研究之用，因此随着公用数据库的建立，生物信息学和计算生物学逐渐走向成熟。 生物信息学可被视为为对生物信息，特别是对核酸以及蛋白质序列信息的获取、分析和存储。而计算生物学则是指为实现上述目的进行的相应算法和计算机应用程序的开发。近十年来全基因组测序计划中积累的大量数据使这两个领域都有了飞速的发展，从商业的、学术的各种来源出现了许多可用于序列分析和数据库搜索的程序。用于个人计算机和Macintoshe机的软件包，特别是可供多用户使用的软件包通常比较昂贵，并且可能缺少用于分析和编辑的综合性的程序组。与商业程序相比，那些公用的能独立运行的