第2章基因组学详解.ppt

遗传作图基本概念 1. 遗传作图定义 采用遗传学分析方法将基因或其他DNA顺序标定在染色体上构建连锁图。 2. 遗传作图的基本原理 随机的染色体上两个任意基因座越远，它们越容易被染色体断裂所分离。 3.遗传图距的单位 厘摩（cM）:每单位厘摩为1％交换率。 交换率（交换值、重组频率）= 减数分裂的重组产物/减数分裂的总产物 4.遗传作图的主要方法 杂交实验、 家系分析 分辨率低100kb理想的标记密度，但是当时的结果是只能到2-5Mb 覆盖面较低 重组时间发生少的区域，高密度的连锁图难以完成 分子标记的排列有时会出错：环境因素或者取样误差，导致的非随机的群体组成。 共同之处： 确定基因或分子标记在染色体上的排列位置。 基因组测序策略 有了高密度的基因组图谱，就可以开始全基因组测序了 测序的技术飞速发展，全自动化 测序的策略有两个： 鸟枪法 克隆重叠群法 鸟枪法（shotgun sequencing） 鸟枪法的优缺点 优点： 不需要高密度的图谱 速度快、简单、成本低 缺点： 拼接组装困难，尤其在重复序列多的区域 主要用于重复序列少、相对简单的原核生物基因组 克隆重叠群法（clone contig） 将基因组DNA切割长度为0.1Mb－1Mb的大片段，克隆到YAC或BAC载体上 然后再进行亚克隆，分别测定单个亚克隆的序列 再装配、连接成连续的DNA分子。 这是一种自上而下（up to down）的测序策略 clone-by-clone method 两种基因组测序策略 The E.coli genome 基因标记 孟德尔 — 肉眼→ 豌豆植株高矮、豌豆颜色等 摩尔根 — 显微镜、肉眼→ 果蝇躯体颜色、翅膀形状等 生化表型→细菌、酵母遗传学研究；人类中如血型系列（ABO）分析、血清蛋白和免疫蛋白 2. DNA分子标记 2.1 DNA 分子标记作图的优点: 不以表型为参照 直接检测个体基因型组成 具有共显性的特点 2.2 分子标记用于基因定位的发展史 2.3 分子标记 RFLP(restriction fragment length polymorphisms,限制性片段长度多态性) RFLP的特征: ? 处于染色体上的位置相对固定; ? 同一亲本及其子代相同位点上的多态性片段特征不变; ? 同一凝胶电泳可显示不同多态性片段,具有共显性特点; DNA序列能或不能被某一酶酶切，相当于一对等位基因的差异。 如有两个DNA分子（一对染色体），一个具有某一种酶的酶切位点，而另一个没有这个位点，酶切后形成的DNA片段长度就有差异，即多态性。 可将RFLP作为标记，定位在基因组中某一位置上。 人类基因组中有105个RFLP位点，每一位点只有两个等位基因。 RFLP分析 SSLPs(Simple sequence length polymorphisms, 简单序列长度多态性) ? SSLP 产生重复序列的可变排列,同一位点重复次数不同,表现DNA序列长度变化; ? 与RFLP 不同,具有多等位性; ? 小卫星(minisatellite)和微卫星(microsatellite)序列都可用于遗传作图,但微卫星更普遍。 这种重复序列的重复单位很短，常常只有2个、3个或4个核苷酸 如一条染色体TCTGAGAGAGACGC 另一染色体TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC，就构成了多态性。 SSR ，任何两个人的微卫星组合都不同，可以用来编制遗传档案 SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性) 1996年，Lander报道了SNP，制备第三代遗传连锁图的遗传标记。 ? 基因组中单个核苷酸的突变称为点突变; ? 理论上每个单核苷酸位置最多只有4种形式,但某些群体特定的单核苷酸位置只有2个或3个SNP,这些位点称为双等位或三等位;不同人群仅有140万个核苷酸差异 ； 人基因组SNP与疾病的关系，及药物遗传学。 人基因组SNP有1000万个，在基因内部是20万个，基因外部是其10倍 ? 在基因组编码顺序中，SNP大多位于密码子的摇摆位置，表现为基因沉默而被大量保留下来; ? 大多数SNP所在的位置不能被限制酶识别，必须采取测序或寡核苷酸杂交检测; ? SNP在基因组中的数量极大，二倍体细胞中每个SNP最多只有2种等位型。 孟德尔遗传学简介 等位基因随机分离定律 独立遗传定律 完全连锁 不完全连锁 不