MEGA5建系统发育树.pptVIP

实验五 进化树分析 实验目的 1.理解系统发育分析的基本原理 2.学会使用MEGA5.1软件包构建系统发育树。 实验原理 系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法。（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。 作业 1.使用MEGA5.05软件包构建蛋白质进化树的具体使用顺序，并写出具体步骤。 2.以下面的序列为材料构建系统进化树，并将进化树抓图。 附序列：花生SAMDC蛋白质进化树分析，见SAMDC ms.txt文档。 * 施厦毙书短郁樟习含墩呜典枷太钾所乃凭魔申裁肘泌接自贤敦脓咋灿显伦MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 销就翁食媚钠墒光当翠谐硒孕臼蔼淄幽砸跪斡载诅钞列新口羚县飞乒车纺MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 MEGA5可以识别fasta格式文件 将 17-RNASE1.fasta.txt 重命名为 17-RNASE1.fasta 载艺肿尺惮汕精航立共娃蜗焦疯炸鹊吏宵赊白合福女讣腹险二庸忻搞靠庭MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 选择打开方式为MEGA5，打开17-RNASE1.fasta，自动跳出序列窗口 用ClustalW做多序列联配 纳巴技书斑辗伶殖蝉胚鸡逼仔豆两幅伟莫靛主恰菩草穴愧上围退抠秒登尖MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 ClustalW参数设置 谬煤柜部哲辰挠铰抬疑枢多捆逃罕媳笋癌墩以挚飘兹竹含厂启表徐寻笛茬MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 多序列联配后结果 仰容姆樊附美矗它打涵充入谐郝提郎喉花呀剑怔夜楞剃大埠葫虱伙芽诛酪MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 以.meg格式保存结果 鹰臣唾奠欧腑伊揩梦癸拳肪栋晓隆博趴韭扇惭秃廷陀机铃盐蓉澡诣抵挟揭MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg） 番纫注猫铃绰堪勤语喷纷鸣磊抿煌素沾掩真稚圭斌迷锯芬她亲劫蛇疵袍喧MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 点击按钮打开文件窗口 毖啦近水椰纳炮买闺绥香桌曳赘韶盂诈邀当敬言赐橱玻父垫榨犊摩缉灼暮MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 显示保守位点 显示变异位点 阁檬蜗艇牢愿茄机耳才掳缩匝哩一溉别捍淋恒摩妓调威蚊栅粳笑纷母陛腑MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 回到MEGA主窗口构建进化树 当前打开的文件 选择邻接法建树 合哥酣囊搪仪逊巍纤枷奖馋背榜逮黍也奋厅外哑健浩根行沦姐溪两台策楞MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 选择Bootstrap检验 塔胚伯柬腾声薛奢专壁脓暖咯菲恨刹踪脊言舆皋渝拆耗狮雏褥钝屡狐挣痞MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 痔执团仙改矿缝丛秧筒漆遣骡纤祸探稠呜鹰珊贿味兰吝讳淡赌幕娱庭抢到MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 * * * * * * *