生物信息学数据简介、结构和注解课件.ppt

NCBI数据库介绍 NCBI起源和任务 NCBI于1988年11月4日创立，由于参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，于是提案立法设立NCBI。其隶属于NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支，NLM负责创立生物信息学数据库。 NCBI的任务是发展新的信息学技术以提高对控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 NCBI的主要作用 建立关于分子生物学，生物化学和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI的维护 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生物化学家、实验物理学家和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。 他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题主要包括基因的组织、序列的分析和结构的预测。 NCBI所含的数据库 NCBI中一些常用的数据库资源 PubMed: The biomedical literature (PubMed) Nucleotide: sequence database (GenBank) Protein: sequence database Structure: three-dimensional macromolecular structures Genome: complete genome assemblies SNP: single nucleotide polymorphisms OMIM：online Mendelian Inheritance in Man PubMed The biomedical literature NCBI 主页 PubMed 通过NCBI的Entrez 来获取资料 PubMed提供生物学和生物医学相关文献 通过 LinkOut从网络取得全部文献的摘要和部分期刊全文 BLAST Basic Local Alignment Search Tool NCBI 主页 BLAST BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。 OMIM Online Mendelian Inheritance in Man NCBI 主页 OMIM OMIM 是一网络目录，包含数万的登录的基因和遗传疾病，为人类基因组计划提供表型说明。 OMIM 的细胞遗传性疾病图谱，指出已发表的基因在细胞遗传的位置。 OMIM也提供所有疾病的说明（以字母排序）。 NCBI 主页 Books Books 书籍出版商与NCBI合作，为网络改编了教科书，并把他们链接到PubMed—生物医药书目数据库。 NCBI 主页 Taxonomy browser Taxonomy browser 可以查看主要生物的分类(古生物, 细菌, 真核生物, 病毒) 可依据获得的有关遗传信息对已灭绝生物的进行分类 Structure: Three-Dimensional Macromolecular Structures NCBI 主页 Structure Cn3D 可查看数据库中的蛋白质3D模型 三、NCBI数据库应用举例—— 应用PubMed数据库查找文献方法介绍 查询关键词 Acid phosphatase disease 练 习 利用PubMed 搜索P53与疾病相关的研究文献 (2008-2009). 点击 点击 NCBI 主页 GenBank 包含了所有已知的核酸序列和根据DNA翻译的蛋白序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。 NCBI 主页 输入查询关键词 acid phosphatase 总共查询49282篇 综述1459篇 免费文献11665篇 输入查询词 输入查询词 * * National Center for Biotechnology Information (NCBI) 美国国立生物技术信息中心 点击 NCBI 主页 点击 点击 点击 点击 点击