第6章 遗传标记 (西南大学 普通生物学).ppt

3）RIL群体RIL（recombinant inbred lines，重组近交系）群体是杂交后代经过多代自交而产生的一种作图群体，通常从F2代开始，采用单粒的方法建立。常自交6-7代。 4）DH群体高等植物的单倍体是含有配子染色体的个体。单倍体经过染色体加倍形成的二倍体称为加倍单倍体或双单倍体。 5）NIL（near-isogenic line ）群体 　　一组遗传背景相同或相近，只在个别区段存在差异的株系，称为近等基因系（Near-isogeneic linesNIL）。多代回交后自交一次即得回交自交品系。 6） F1群体 　　两个杂合亲本杂交产生的复合杂交群体（ CP群体），拟测交（Pseudo-testcross）群体。 3、群体的大小构建分子标记骨架连锁图可用小群体150单株或家系。 1903年，Sutton Boveri分别提出遗传因子位于染色体上 （二）图谱构建的理论基础 1、染色体遗传理论 染色体理论的基本要点 ①体细胞的染色体成对存在 ②每条染色体能保持结构恒定性和遗传连续性； ③减数分裂同源染色体相互配对，随后发生分离。 连锁图谱构建的理论是染色体的交换和重组。 A A B B × a b a b a b A B A B a b A B b a 重组率可用来表示遗传图距， 2、基因重组和连锁理论 重组型配子的最大比例为50% ，变化0-50%。 图距单位用厘摩（centi-Mergan, cM） 表示， 1cM的大小大致符合1%的重组率。 两位点存在连锁r＜0.5的概率与不连锁的概率r0.5比为确定两位点之间存在连锁，一般要求似然比大于1000，即LOD＞3；而否定连锁的存在，则要求似然比小于100，即LOD＜2。 2、图谱制作的统计学原理 ①两点测验 Lr/ L0.5 概率之比可用似然比统计量来表示 似然函数L ②多点测验 一个位置上所发生的交换会减少其周围另一个单交换的发生。 图距x与重组率间的关系 当r0.2时，x21.2cM。 3、交换干涉与作图函数 交换干涉 干扰的程度可用符合函数C表示。 作图函数 Kosambi作图含数： （三）DNA标记分离数据的数学处理 1、标记基因型数据的获得利用分子对作图群体的个体（株系）进行标记基因型检测。 P1 P2 F1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 B H A A H H A H B A A H H H A B H A B A H H 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 122、分子标记连锁图的构建利用DNA标记数据，通过作图软件构建连锁图谱。 　　MAPMKER/EXE3.0 　　Map manger QTX20 　　Joinmap （渝棉1号×T586）F2:7群体 3、连锁图谱构建实例 （四）DNA标记连锁图谱的完善 1、DNA标记的染色体定位 　形态标记非整倍体、染色体结构变异 原位杂交 3、AFLP（Amplified Fragment Length Polymorphisms） 扩增片段长度多态性 1993， Zabeau marc和Vos pieter 是对限制性酶切片段的选择性扩增 （1）AFLP标记的原理 基因组的DNA进行双酶切 人工接头连接 PCR反应的引物 凝胶电泳 AFLP扩增数量由酶切频率较低的限制酶在基因组中的酶切位点数量决定。 限制性酶 酶切频率较高的限制性酶（frequent cutter）， 酶切频率较低的限制性酶（rare cutter） 产生易于扩增基因组DNA 限制扩增模板DNA片段的数量 3）选择扩增 AFLP分析的基本步骤 1）限制性核酸酶双酶切基因组DNA 2）DNA片段两端连接上特定的接头 oligonucleotide adapters 6） 自显影 4）聚丙烯酰胺凝胶电泳 5）凝胶转移，干胶处理 荧光标记、银染 （2）AFLP标记的特点 优点 1）数目和种类很多 2）一次PCR反应可检测多个遗传位点 3）AFLP分析模板用量少 4）分辨率高 5）假阳性低，可靠性高 6）AFLP标记多数为显性 缺点 分析成本高 DNA的纯度及内切酶质量要求也比较高 甲基化敏感酶易产生假假阳性 Variable number tandem repeat 4、SSR（Simple Sequence Repeat） 1987，Nakamura 生物基因组内有一种短的重复次数不同的核心序列 可变数目串联重复序列 简称VNTR 小卫星（minisatellites） 微卫星（microsatellites） 简单重复序列，又称微卫星DNA 一类由1—6个碱基组成的基序