基因芯片对生物学研究进展的影响幻灯片.ppt

生物芯片的应用简介 雷安民 西北农林科技大学 .干细胞研究中心 西北农林科技大学 .动物医学院 对基础学科发展的影响 DNA测序：杂交测序（SBH）； 基因表达分析； 基因组研究：作图、测序、基因鉴定、基因功能分析； 基因诊断：寻找和检测与疾病相关的基因及在RNA水平上检测致病基因的表达； 药物研究与开发。 食品卫生安全 芯片技术用于基因序列测定 第一代的杂交测序； 第二代的合成测序-单/四核苷酸循环； 第三代的纳米芯片测序技术； 传统的基因测序方法 测序时分成四个单独的反应，每个反应除上述成分外分别加入2,3-双脱氧的A, C, G, T核苷三磷酸(称为ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP), 然后进行聚合反应。在聚合反应过程中，ddNTP 和dNTP会随机性的结合，一旦ddNTP加入了新合成的DNA链, 由于其3位的羟基变成了氢,不能形成磷酸二酯键，所以不能继续延伸。由此产生A，T，C，G四组不同长度的一系列核苷酸，然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测，从而获得DNA 序列。 尿素变性的PAGE电泳胶 杂交测序原理 基因芯片的测序原理是杂交测序，即通过与一组已知序列的核苷酸探针进行杂交完成核苷酸 序列 测定。用图5-9说明测序原理。在一块基片表面固定已知序列的八核苷酸探针，当溶液中带 有荧光标记的核苷酸序列TATGCAATCTAG与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补杂交时， 通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列，据此可重组出靶核 苷酸待测序列。DNA芯片测序技术包括芯片制备、样品制备、分子杂交、检测分析、序列 分析和组装等过程。 杂交测序原理示意图 新一代的测序原理 关键的技术点： 核苷酸序列的接头技术； 四种核苷酸的标记技术； 接头与片基的结合技术； 高通量的电脑分析技术； 高效序列分析拼接软件； 第一步，基因组被打断为100-200bps的片段 每个片段被接上接头序列 接头后的片段在片基上固定 对应链的边合成边测序 一个芯片上，1000，000点样，一次测定可以循环30次；耗时5个小时； 从理论上讲，5个小时可以完成30,000,000个碱基的测序量; 工作人员一天就可以完成60,000,000个碱基的测序量;从理论上讲,50个工作日就可以完成一个人的全基因基因测序任务。 该方法的优势： 1.?高通量：一轮反应可产生大于1Gb的数据； 2.?快速：产生1Gb数据的时间约为3天； 3.?成本低廉：每测量100?万个碱基对所需成本 3美元； 2008年开始的第三代测序技术则是基于纳米孔的单分子读取技术，这种方法读取数据更快、有望大大降低测序成本，改变个人医疗的前景。第三代测序技术的基本原理是在纳米孔中配置纳米电极，用电测方法测量一个DNA的核酸碱基排列。但是电测识别一个分子的技术开发极其困难，因此尚未有验证该原理的实例。 孔道蛋白：是金黄色葡萄球菌α溶血素； 纳米孔道的电位测量； 表达谱芯片的应用 基因表达谱芯片的应用最为广泛，技术上也最成熟。这种芯片可以检测整个基因组范围的众多基因在mRNA表达水平的变化。它能对来源于不同个体、不同组织、不同细胞周期、不同发育阶段、不同分化阶段、不同生理病理、不同刺激条件下的组织细胞内基因表达情况进行对比分析。从而对基因群在个体特异性、组织特异性、发育特异性、分化特异性、疾病特异性、刺激特异性的变化特征和规律进行描述， 进一步阐明基因的相互协同、抑制、互为因果等关系。有助于理解基因及其编码的蛋白质的生物学功能，并从已知生物学功能的基因推论未报道基因的生物学意义。同时，还可在基因水平上解释疾病的发病机理，为疾病诊断、药效跟踪、用药选择等提供有效手段。 急性白血病、黑色素瘤、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、肝癌等表达谱芯片的研究。 基因芯片的优点： 高通量 大规模 高度平行性 快速高效 高灵敏度 高度自动化 组织芯片 不同的癌组织芯片； 病理组织切片； 不同器官来源组织芯片； 研究蛋白质芯片的意义 蛋白质是基因表达的最终产物，接近生命活动的物质层面； 探针蛋白特异性高、亲和力强，可简化样品前处理，甚至可直接利用生物材料(血样、尿样、细胞及组织等)进行检测； 适合高通量筛选与靶蛋白作用的化合物； 有助于了解药物或毒物与其效应相关蛋白质的相互作用。 蛋白质芯片的分类 蛋白质检测芯片 蛋白质功能芯片 蛋白质芯片的制备 固相载体及其处理 载体（滴定板、滤膜、凝胶、载玻片） 蛋白质的预处理 选择具有较高纯度和完好生物活性的蛋白进行溶解 点制微阵列 可使用点制基因微阵列的商品化点样仪或喷墨法等 蛋白质芯片检测 蛋白质芯片的应用 疾病诊断和预警 药物开发 蛋白质组学 定量检