第五章 多序列比对课件.pptVIP

什么是多序列比对? 3条或以上的氨基酸(核酸)序列比对; 序列所有残基的相对位置保持不变，将不同序列间相同或相似的残基放入同一列， 即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐; 对齐的残基在进化上同源。 多序列比对的应用 用于描述一组序列之间的相似性关系，寻找保守区域，了解一个基因家族的基本特征。 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 多序列比对的渐进比对过程 简单过程： 1. 先对所有的序列进行两两比对并计算它们相似性得分，并根据相似性分值将它们分成若干组 2. 然后，逐渐地加上较小相关的序列或者序列组 合…，直到得到最终比对结果。 渐进法多序列比对——Clustal W/X 对所有序列两两全局比对（ Needleman-Wunsch算法），计算得到一个距离矩阵，该矩阵反映每对序列的关系； 用距离矩阵构建比对指导树； 根据指导树的分支顺序，关系最近的两序列开始比对，由近至远，逐步添加序列，直到所有序列全部加入为止。 Clustal W/X多序列比对步骤 1 Clustal W/X多序列比对步骤 1 Clustal W/X多序列比对步骤 2 Clustal W/X多序列比对步骤 3 ClustalW/X：存在的问题 最终的比对结果非常依赖起始两两序列比对，如果这些序列在进化中相近，比对结果是非常好。 ——例如，距离最近的有两组序列AB和CD，以AB为准，加入CD，然后再加上其他序列，还是CD为准，最终结果可能出入很大 当序列差异较大时，依赖起始两两比对更加明显。 例如 三条序列： Seq1,2先比对，再加入Seq3： Seq1,3先比对，再加入Seq2: Seq2,3先比对，再加入Seq1: ClustalX: 使用指南 FASTA序列格式，多序列 导入序列文件 调整比对参数 执行比对 文件导出 多序列比对：结果查看 GeneDoc和BioEdit等软件 多序列比对：结果查看 两两序列比对方式检索数据库的局限 多序列方式检索数据库 HMMER软件包 建立 HMM模型流程 ClustalW/X进行多序列对齐 HMM模型检索序列数据库 HMM模型检索序列数据库: 适用于已知某一类蛋白质的保守结构，通过构建HMM模型，从序列数据库中搜索所有该类蛋白序列。 程序格式: hmmsearch [options] hmmfile seqfile HMM模型检索序列数据库举例 WRKY基因是一类植物特有转录因子，其特点至少含有一段60个左右的高保守氨基酸序列。 WRKY HMMs检索拟南芥蛋白数据库结果 WRKY HMMs检索拟南芥蛋白数据库结果 WRKY HMMs检索拟南芥蛋白数据库结果 检索结果统计 HMM模型 程序格式: hmmsearch WRKY.hmm ATH.pep 通过构建剖面HMM模型（WRKY.hmm），从拟南芥蛋白数据库中搜索所有该类蛋白序列。 score obs. exp. http://pfam.sanger.ac.uk/ HMM的应用实例——pfam数据库 序列检索HMM模型数据库，主要应用于序列的功能预测 HMM的应用实例——pfam数据库 http://smart.embl-heidelberg.de/ HMM的应用实例——SMART数据库 HMM的应用实例——SMART数据库 * 第五章 多序列比对 农业与生物学院 张利达 zhangld@ S1 AKRSCD S2 TKMRSED S3 AKRSD S4 TKRSED 两两全局比对，构建序列距离矩阵 6组序列两两全局比对 S1 S2 S3 S4 S1 - S2 50 - S3 80 40 - S4 66 66 60 - 4条序列两两比对数： (3)(4)/2 = 6 N条序列两两比对数： (N-1)(N)/2 两两全局比对，构建序列距离矩阵 S1 S2 S3 S4 S1 - S2 0.5 - S3 0.2 0.6 - S4 0.34 0.34 0.4 - 序列相似性得分转换成序列距离 S1 S2 S3 S4 S1 - S2 50 - S3 80 40 - S4 66 66 60 - S2 S4 S1 S3 根据序列关系矩阵，构建指导树（guide tree） ClustalW/X生成的指导树表明序列间的距离关系； 指导树并非序列系统进化树。 S1 S2 S3 S4 S1 - S2 0.5 - S3 0.2 0.6 - S4 0.34 0.34 0.4 - S1 AKRSCD S3 AKRS-D S4 TK-RSED S2 TKMRSED S1