蛋白质结构与功能预测8探究.ppt

* * * * * * * * InterPro 蛋白家族信息 AC号，家族名称 蛋白家族信息 其他数据库中的收录情况 相关的其他家族 条目类型 InterPro 蛋白家族信息（续） GO术语注释 说明 空间三维结构链接文件 数据库链接 GO三棵树的功能分类 G蛋白偶联受体 受体活性 在膜通道上 InterPro 蛋白家族信息（续） 该家族蛋白在不同种类生物体中出现情况 其他家族与该家族的重叠情况 子家族 * 五、蛋白质三维结构预测 方法 特点 工具 同源建模法 ( Homology/Comparative modelling ) 基于序列同源比对，对于序列相似度30％的序列模拟比较有效，最常用的方法 SWISS-MODEL CPHmodels 串线法/折叠识别法 (Threading/Fold recognition) “穿”入已知的各种蛋白质折叠骨架内，适于对蛋白质核心结构进行预测，计算量大 THREADER 3D-PSSM 从头预测法 ( Ab initio/De novo methods ) 基于分子动力学，寻找能量最低的构象，计算量大，只能做小分子预测 HMMSTR ROSSETA * 蛋白质结构预测精度 实验室方法 * 同源建模法分析步骤： 多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板 序列相似度30% 序列相似度30%，结合功能，蛋白