第07章 核酸蛋白质序列进化分析.pptVIP

在研究生物进化和系统分类中，用来概括各种（类）生物之间的亲缘关系的一种树状分枝的图型，即系统发育树，简称系统树。 例: 对于4个物种（a、b、c、d）的如下4条DNA序列： 　　a ACGGT 　　b ACCGT 　　c AGACT 　　d AGTAA 位点2 出现在两个物种中，因此是简约性信息位点。 位点1 保守性位点, 位点3 每种核苷酸状态只出现一次， 位点4 发生两次突变但分别只出现一次， 位点5 只发生一次突变， 因此这几个位点虽然是变异位点，但都是非简约性位点。 MP算法基本思想（Fitch, 1971; Hartigan, 1973）考虑m个核苷酸（或氨基酸）序列（m ? 4），假定4种核苷酸（或20种氨基酸）可突变为与自身不同的任何一种。 对于任一给定的拓扑结构，可以推断每个位点的祖先状态； 对于该拓扑结构，可以计算出用来解释整个进化过程所需的核苷酸（或氨基酸）的最小替代数目； 对所有可能正确的拓扑结构计算它们的最小替代数目，选择其中最小的作为最优拓扑结构。 7.4 系统发育树构建的最大简约法 (Maximum Parsimony Method) MP法决定系统树的拓扑结构 特定结构树的最小替代数目估计 1 2 3 4 5 6 A A A G G T A G G G 1 2 3 4 5 6 A A A G G T A A A T 祖先节点的核苷酸不能完全唯一确定。 计算所有结构树并选取最短树长 对于任一给定的拓扑结构，计算它的树长（即所有位点的最小替代数目之和）L； 选取具有最短树长的拓扑结构为最大简约树。 信息位点、趋同进化 不变位点：在所有分类群中相同核苷酸或氨基酸的位点。 不变位点不提供任何信息。 简约信息位点：位点上至少有两种不同的核苷酸或氨基酸，且每种至少出现两次。 单一位点：位点上只有一个分类群具有一种不同的核苷酸或氨基酸。 对所有的拓扑结构都只能用相同的替代数目表示。 单一位点也不提供任何MP信息。 MP法决定系统树的分支长度 进化通径：考虑任意两个密码子之间变换的可能路径 分支长度估计 通过考虑每个非不变位点的所有进化通径，并计算每个内部分支或外部分支的平均替代数来估计MP树的分支长度。 （具体算法略） MP法评述 MP法适用的问题 位点不存在回复突变、平行突变； 被分析的序列较长，核苷酸或氨基酸数目很大； 序列的相似度较高； 核苷酸或氨基酸替代速率较稳定。 ML算法基本思想 （Felsenstein, 1981; Kishino, 1990） 以一个特定的替代模型分析一组给定的核苷酸（或氨基酸）序列数据，使获得的每一个拓扑结构的似然率均为最大，挑选其中最大似然率最大的拓扑结构，选为最终系统树。 ML法考察的既可以是拓扑结构，也可以是既定拓扑结构的分支长度。 ML法采用了标准的统计方法，以建立进化的概率模型。 计算量非常大。 7.5 系统发育树构建的最大似然法 (Maximum Likelihood Method) Arizona大学开发的软件 /tree/program/program.html Tree of Life It includes parsimony, distance matrix, invariants, and maximum likelihood methods and many indices and statistical tests. / PAUP It includes programs to carry out parsimony, distance matrix methods, maximum likelihood, and other methods on a variety of types of data, including DNA and RNA sequences, protein sequences, restriction sites, 0/1 discrete characters data, gene frequencies, continuous characters and distance matrices. /phylip.html PHYLIP 说明 网址 软件名称 7.6 分子进化与系统发育分析常用的软件 美国宾州州立大学Mas